Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/2/python/358.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

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Python获取数据帧中所有特征组合的条件概率_Python_Performance_Pandas_Numpy_Statistics - Fatal编程技术网

Python获取数据帧中所有特征组合的条件概率

Python获取数据帧中所有特征组合的条件概率,python,performance,pandas,numpy,statistics,Python,Performance,Pandas,Numpy,Statistics,我有一个带有一些分类变量的熊猫数据框架。类似这样的事情- >>df 'a', 'x' 'a', 'y' 现在,我想返回一个矩阵,每个级别的条件概率与其他级别一起出现。对于上面的数据帧,它看起来像- [1, 0.5, 0.5], [1, 1, 0], [1, 0, 1] 这三个条目对应于级别“a”、“x”和“y” 这是因为在第一列为“a”的条件下,“x”和“y”出现的概率分别为0.5,依此类推。 我有一些代码可以做到这一点(如下)。然而,问题是它的速度非常慢。速度太慢,以至于我

我有一个带有一些分类变量的熊猫数据框架。类似这样的事情-

>>df
 'a', 'x'
 'a', 'y'
现在,我想返回一个矩阵,每个级别的条件概率与其他级别一起出现。对于上面的数据帧,它看起来像-

[1, 0.5, 0.5],
[1, 1, 0],
[1, 0, 1]
这三个条目对应于级别“a”、“x”和“y”

这是因为在第一列为“a”的条件下,“x”和“y”出现的概率分别为0.5,依此类推。 我有一些代码可以做到这一点(如下)。然而,问题是它的速度非常慢。速度太慢,以至于我想在超时时使用它的应用程序。有没有人有什么建议可以加快速度

df = pd.read_csv('pathToData.csv')
df = df.fillna("null")
cols = 0
col_levels = []
columns = {}
num = 0
for i in df.columns:
cols += len(set(df[i]))
col_levels.append(np.sort(list(set(df[i]))))
for j in np.sort(list(set(df[i]))):
    columns[i + '_' + str(j)] = num
    num += 1

res = np.eye(cols)

for i in range(len(df.columns)):
  for j in range(len(df.columns)):
    if i != j:
        row_feature = df.columns[i]
        col_feature = df.columns[j]
        rowLevels = col_levels[i]
        colLevels = col_levels[j]
        for ii in rowLevels:
            for jj in colLevels:                
                frst = (df[row_feature] == ii) * 1
                scnd = (df[col_feature] == jj) * 1
                prob = sum(frst*scnd)/(sum(frst) + 1e-9)
                frst_ind = columns[row_feature + '_' + ii]
                scnd_ind = columns[col_feature + '_' + jj]
                res[frst_ind, scnd_ind] = prob
编辑:这里有一个更大的例子:

>>df
'a', 'x', 'l'
'a', 'y', 'l'
'b', 'x', 'l'

这里不同类别的数量是‘a’、‘b’、‘x’、‘y’和‘l’。由于这是5个类别,因此输出矩阵应为5x5。第一行和第一列是“a”以“a”为条件出现的频率。这当然是1(所有对角线也是如此)。第一行和第二列以“a”为条件,“b”的概率是多少。因为“a”和“b”是同一列的一部分,所以这是零。第一行和第三列是以“a”为条件的“x”的概率。我们看到“a”出现两次,但与“x”一起只出现一次。所以,这个概率是0.5。依此类推。

我解决这个问题的方法是首先计算数据集中的所有唯一级别。然后循环通过这些级别的笛卡尔乘积。在每个步骤中,过滤数据集以创建条件为真的子集。然后,计算发生事件的子集中的行数。下面是我的代码

import pandas as pd
from itertools import product
from collections import defaultdict

df = pd.DataFrame({
    'col1': ['a', 'a', 'b'],
    'col2': ['x', 'y', 'x'],
    'col3': ['l', 'l', 'l']
})

levels = df.stack().unique()

res = defaultdict(dict)
for event, cond in product(levels, levels):

    # create a subset of rows with at least one element equal to cond
    conditional_set = df[(df == cond).any(axis=1)]
    conditional_set_size = len(conditional_set)

    # count the number of rows in the subset where at least one element is equal to event
    conditional_event_count = (conditional_set == event).any(axis=1).sum()

    res[event][cond] = conditional_event_count / conditional_set_size

result_df = pd.DataFrame(res)
print(result_df)

# OUTPUT    
#       a         b    l         x         y
# a  1.000000  0.000000  1.0  0.500000  0.500000
# b  0.000000  1.000000  1.0  1.000000  0.000000
# l  0.666667  0.333333  1.0  0.666667  0.333333
# x  0.500000  0.500000  1.0  1.000000  0.000000
# y  1.000000  0.000000  1.0  0.000000  1.000000

我确信还有其他更快的方法,但这是我想到的第一件事。

数据帧总是有两列吗?你能举一个更大的例子吗?不,数据框可以有任意数量的列。让我来举一个更大的例子。