R'的等价物是什么；s"；菲珀；Python中的函数？

在R中，我使用

phyper

函数对生物信息学分析进行超几何测试。然而，我使用了大量Python代码，在这里使用rpy2的速度非常慢。所以，我开始寻找替代品。似乎

scipy.stats.hypergeom

也有类似之处

目前，我这样调用phyper：

pvalue <- 1-phyper(45, 92, 7518, 1329)

然而，这返回-7.345013484863151106E-12，这没有什么意义。请注意，我已经在其他数据上测试过了，但没有什么问题（相同的精度直到小数点后4位，这对我来说已经足够了）

因此，可以归结为以下几种可能性：

我对作业使用了错误的函数（或错误的参数）

scipy里有一只虫子

在“1”的情况下，除了phyper之外，还有其他可以在Python中使用的替代方法吗

编辑：正如评论所指出的，这是scipy中的一个bug，在git master中已修复。

从中，您可以尝试：

hypergeom.sf（x，M，n，n，loc=0）

： 生存功能（1-cdf-有时 （更准确）

另外，我认为你可能把价值观混淆了

从容器中创建图形对象模型。M 是对象的总数，n是总数 类型I对象的数量。RV计数 绘制N个图形中的I类对象数 没有人口的替代

因此，通过我的阅读：

x=q

，

M=n+M

，

n=M

，

n=k

因此，我会尝试：

stats.hypergeom.sf(45,(92+7518),92,1329)

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仍然给出了一个负的p值，但是由于我做的其他测试是可比的，我想知道是否有任何我不知道的副作用。我认为这是scipy中的一个错误：@Einar看起来这个问题最近已经解决了：试着更新你的scipy安装注意到提交，我正在从git master构建，看看这个问题是否得到了解决。编辑：事实上，它在master中是固定的。我也将这个问题设置为正确的问题，因为实际上我在调用sf时也犯了一个错误，所以用这个我完全解决了这个问题。谢谢

stats.hypergeom.sf(45,(92+7518),92,1329)