sqlite和python。。。火速

我用python实现了一个程序，该程序从一个文件构建一些db。fasta文件是包含一些大分子序列的文本文件。你可以阅读更多关于。 我的程序从每一种蛋白质中产生一系列肽，它们是蛋白质片段。为了实现我的目标，该程序在SQLite中构建并查询DB

您知道在python中是否有很多技巧可以更快地填充或查询sqlite db吗？

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如果我使用像SQLAlchemy这样的层或ORM，我可以提高性能吗？

您不会提高性能，ORM层会增加一些开销，但您可能能够更轻松地进行实验。考虑到数据的大小，您可能可以选择更快的。或者您可能希望查看不同类型的数据库，例如。

SQLAlchemy/SQLObject允许您透明地排序使用数据库（不仅仅是SQLite），而不必知道用于查询的SQL。在内部，它们生成的查询可能比手工编制的查询慢（但我对它们的内部结构不太熟悉）。如果要编写快速执行的查询，可能需要学习SQL。但是您是否发现查询中的性能确实不足？SQLite有一个“查询优化”指南：。另外，sqlite有一个

内存模式？为什么不在内存中创建词典呢？这个数据库有多大？如果低于2Gb，那么内存中的纯Python对象将远远快于SQLite。@s.Lott程序构建的数据库是2Gb以上的许多倍。我需要或优化任何一个，以了解是否有其他选择。我还可以序列化字典或使用JSON生成一个简单的数据库，如我喜欢的[receipt]（）。gunzapper:您是否真的将fasta文件中的字符串片段存储在dict中？如果你做得巧妙，你可以只存储开始点和结束点来节省大量空间。当然，这取决于你在做什么。此外，根据您所做的工作，可能还有其他方法来存储数据。例如，您可能需要某种树结构。由于我在他的问题中用完了注释空间，并且您提到了sqlite3的
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模式，下面是一个有关如何从
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：@zeekay:插入大量数据的相关线程。。。否
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不是我追求的更好的解决方案，但我对redis感兴趣。现在看起来不错。