Python 将两个不同文件的行穿插在一起

我必须做一个简单的任务，但我不知道怎么做，我被押上了赌注。我需要穿插两个不同文件的行，每行4行：

文件1:

1
2
3
4
5
6
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9
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12

A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L

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A
B
C
D
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G
H
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I
J
K
L

文件2:

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A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L

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A
B
C
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F
G
H
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J
K
L

所需结果：

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A
B
C
D
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F
G
H
I
J
K
L

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A
B
C
D
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E
F
G
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J
K
L

我正在寻找sed、awk或python脚本，或任何其他bash命令

谢谢你的时间

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我尝试使用能够识别每个文件的4行模块的特定python库来实现这一点。但它不起作用，现在我试图在没有这个库的情况下实现它，但不知道如何实现

import sys
from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import Seq
from Bio.SeqRecord import SeqRecord


def main(forward,reverse):

    for F, R in zip ( SeqIO.parse(forward, "fastq"), SeqIO.parse(reverse, "fastq") ):

        fastq_out_F = SeqRecord( F.seq, id = F.id, description = "" )
        fastq_out_F.letter_annotations["phred_quality"] = F.letter_annotations["phred_quality"]

        fastq_out_R = SeqRecord( R.seq, id = R.id, description = "" )
        fastq_out_R.letter_annotations["phred_quality"] = R.letter_annotations["phred_quality"]

        print fastq_out_F.format("fastq"),
        print fastq_out_R.format("fastq"),


if __name__ == '__main__':
    main(sys.argv[1], sys.argv[2])  

---

你发布的代码看起来非常复杂。编程有一条经验法则：总是有一个更简单的解决方案。在您的情况下，更简单

您应该做的第一件事是确定输入的限制。你要处理非常大的文件吗？或者它们的大小只有1或2 KB？这很重要

第二件事：看看这个。有了Python，您就有了其他功能。尝试将这些工具结合起来以产生所需的结果

在你的特殊情况下，有一些不清楚的地方。如果输入文件大小不同，脚本应该怎么做？或者其中一个是空的？还是说行数不是四的因子？你应该决定如何处理这样的极端情况

看一看，然后。如果你喜欢用很酷的方式，你也可以看看这个模块。

这可能适合你：（使用GNU-sed）

或使用粘贴/bash：

paste -d' ' <(paste -sd'   \n' file1) <(paste -sd'   \n' file2) | tr ' ' '\n'

---

尝试此操作，更改f1和f2的相应文件名值

awk 'BEGIN{
  sectionSize=4; maxSectionCnt=sectionSize; maxSectionCnt++
  notEof1=notEof2=1
  f1="file1" ; f2="file2"
   while (notEof1 && notEof2) {
    if (notEof1) {
      for (i=1;i<maxSectionCnt;i++) {
        if (getline < f1 >0 ) { print "F1:" i":" $0 } else {notEof1=0}
      }
    }
    if (notEof2) {
      for (i=1;i<maxSectionCnt;i++) {
        if (getline < f2 >0 ) { print "F2:" i":" $0 } else {notEof2=0}
      }
    }
  }
}'

awk'开始{
sectionSize=4；maxSectionCnt=sectionSize；maxSectionCnt++
notEof1=notEof2=1
f1=“file1”f2=“file2”
while（notEof1和notEof2）{
如果（注1）{
对于（i=1；i0）{print“F1:i”：“$0}否则{notEof1=0}”
}
}
如果（注2）{
对于（i=1；i0）{print“F2:i”：“$0}否则{notEof2=0}”
}
}
}
}'

您还可以删除

“F1:i”：“

etc记录头。我添加了帮助调试代码

正如Pastafarianist正确指出的那样，如果您对如果文件大小不一样会发生什么有期望，那么您可能需要修改此选项，等等

---

我希望这有帮助。

可以在纯bash中完成：

f1=""; f2=""
while test -z "$f1" -o -z "$f2"; do
  { read LINE && echo "$LINE" && \
      read LINE && echo "$LINE" && \
      read LINE && echo "$LINE" && \
      read LINE && echo "$LINE"; } || f1=end;
  { read -u 3 LINE && echo "$LINE" && \
      read -u 3 LINE && echo "$LINE" && \
      read -u 3 LINE && echo "$LINE" && \
      read -u 3 LINE && echo "$LINE"; } || f2=end;
done < f1 3< f2

f1=“”；f2=“”
当测试-z“$f1”-o-z“$f2”时
{读取行&&echo“$LINE”&&\
读取行和回显“$LINE”和\
读取行和回显“$LINE”和\
读取行和回显“$LINE”}| | f1=end；
{read-u3行&&echo“$LINE”&&\
读取-u 3行和回显“$LINE”和\
读取-u 3行和回显“$LINE”和\
read-u3行和echo“$LINE”}| | f2=end；
完成

---

我们的想法是使用一个新的文件描述符（本例中为3），同时从

stdin

和该文件描述符中读取。

如果您没有GNU

sed

，也可以混合使用

paste

和

sed

：

paste -d '\n' f1 f2 | sed -e 'x;N;x;N;x;N;x;N;x;N;x;N;x;N;s/^\n//;H;s/.*//;x'

如果您不熟悉

sed

，则有第二个缓冲区称为保持空间，您可以在其中保存数据。

x

命令将当前缓冲区与保持空间交换，

N

命令将一行追加到当前缓冲区，

H

命令将当前缓冲区追加到保持空间

---

因此，第一行

x；N

将当前行（从f1开始，因为

粘贴

）保存在保留空间中，并读取下一行（从f2开始，因为

粘贴

），然后每个

x；N；x；N

读取f1和f2中的新行，脚本结束时从f2的4行中删除新行，将f2中的行放在f1行的末尾，为下一次运行清理保留空间，并将8行打印为Gerrat[编辑：并Rik Poggi]赛义德：向我们展示你的尝试。你不太可能得到太多帮助（尤其不太可能从最好的人那里得到帮助）如果你只是要求Stack Overflow为你做工作。证明你自己做了一次真正的尝试，你不仅会表明你是真诚地问的，而且会更清楚困难在哪里。我尝试使用特定的python库解析我的文件…你的真实文件有多大？祝你好运。它们是真实的太大了，大约25 GB。+1这是一个好问题。感谢@kev对反射的支持，xargs也可以提供一个解决方案。