Python 使用ete3获取祖先节点编号

我需要获取ete3中树中的节点号

下面是一个树的示例：

rooted_tree = Tree( "((A,B),(C,D));" )

print rooted_tree
#
#          /-A
#     /---|
#    |     \-B
#----|
#    |     /-C
#     \---|
#          \-D

然后我从这棵树中计算出一些东西（对于这个问题来说并不重要），这些东西给我树中每个节点的值，然后我在ggplot树中绘制。但是ggplot tree需要节点号来绘制此信息，这里的问题是我无法找到代码以获取树的节点号

“根树”

假设我想要

A

和

B

的祖先节点号，我如何获得它？我只知道这样做：

ancestor = tree.get_common_ancestor("A","B")

---

但是类似于

祖先.node_number

的

祖先.num

不起作用…

ete树中的所有节点都是对象，它们没有数字，但它们有一个标记为拓扑透视图的哈希ID

您可以通过以下方式访问这些拓扑id：

ancestor = tree.get_common_ancestor("A","B")
print(ancestor.get_topology_id())

引用ete3文档：

在2.3版中获取新的拓扑id（attr='name'）

返回表示当前树拓扑的唯一ID。 具有相同拓扑的两棵树将生成相同的id。如果 如果没有根，请确保根节点不是二进制的，或者使用 在生成拓扑id之前执行tree.unroot（）函数

这有助于检测束上唯一拓扑的数量 对于树，不需要全距离方法

默认情况下，根据终端节点的名称计算id。 可以使用任何其他节点属性

进一步参考：