Python 尝试运行kdtree时出现scipy.spatial ValueError

Background:我正在尝试使用

cKDtree

函数在一个shapefile上运行一个最近邻，该shapefile有201条lat/lons记录，时间序列数据集为8760小时（一年中的总小时数）。我得到了一个错误，自然我查了一下。我发现：这是相同的错误，但我很难理解这个错误是如何解决的

工作流：我从shapefile中提取x&y坐标，并将它们存储在称为

x\u向量

和

y\u向量

的单独数组中。8760数据是一个hdf5文件。我使用

h5_coords=np.vstack（[meta['latitude']，meta['longitude']）.T

提取坐标

现在我试着运行kdtree

# Run the kdtree to match nearest values
tree = cKDTree(np.vstack([x_vector, y_vector]))
kdtree_indices = tree.query(h5_coords)[1]

但它会导致同样的回溯错误

回溯错误：

Traceback (most recent call last):
File "meera_extract.py", line 45, in <module>
kdtree_indices = tree.query(h5_coords)[1]
File "scipy/spatial/ckdtree.pyx", line 618, in scipy.spatial.ckdtree.cKDTree.query (scipy/spatial/ckdtree.cxx:6996)
ValueError: x must consist of vectors of length 201 but has shape (1, 389880)

回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“meera_extract.py”，第45行，在
kdtree_index=tree.query（h5_坐标）[1]
文件“scipy/spatial/ckdtree.pyx”，第618行，位于scipy.spatial.ckdtree.ckdtree.query（scipy/spatial/ckdtree.cxx:6996）中
ValueError:x必须由长度为201的向量组成，但具有形状（1389880）

---

帮帮我，斯塔克。你是我唯一的希望。

所以我似乎需要仔细阅读

vstack

和

column\u stack

和转置（即

.T

的使用）的区别。如果有人有同样的问题，这里是我为了使

cKDtree

工作所做的更改。如果有人碰到这个问题，希望这会有所帮助。非常感谢社区的评论帮助解决这个问题

我将

hdf5

坐标的引入方式从

vstack

更改为

column\u stack

并移除转置

.T

# Get coordinates of HDF5 file
h5_coords = np.column_stack([meta['latitude'], meta['longitude']])

我没有尝试在树中添加点，而是创建了一个新变量来保存它们：

# combine x and y
vector_pnts = np.column_stack([x_vector, y_vector])

然后我运行kdtree，没有任何错误

# Run the kdtree to match nearest values
tree = cKDTree(vector_pnts)
kdtree_indices = tree.query(h5_coords)[1]

---

x_vector.shape

、

y_vector.shape

和

h5_coords.shape

的输出是什么？不要将

np.vstack（[…]）

传递到

cKDTree

，而是采取较小的步骤，使用

points=np.vstack（[x_vector，y_vector]）

。然后查看

点。形状
。这就是你所期望的吗？
x_向量。shape
&
y_向量。shape
是（201，）和
h5_坐标。shape
是
（1389880）
。啊，在这种情况下，
np.vstack（[x_向量，y_向量]）
具有shape
（2201）
。这意味着您只传递了201维空间中的两个点。请使用
np.column\u stack（）
而不是
numpy.vstack（）
。