Python 键入对象'；限制类型'；没有属性'；尺寸'；

我今天遇到了这个问题，想把它提出来看看是否有人见过它。搜索Google/SO/Biostars没有让我找到任何地方

我正在运行一个简单的限制分析（对随机生成的“基因组”），并得到这个错误。若我单独寻找含有酶的切割位点，它对每一个都有效。但是，当我将它们放入

RestrictionBatch

时，我在类中得到一个错误：

type object 'RestrictionType' has no attribute 'size'

我贴了一张照片

版本： -Biopython 1.6.2 -IPython 1.1.0 -Python 2.7.6/Anaconda 1.8

---

我也在Python3.3和Biopython Git存储库中尝试过这一点-同样的错误。

这是iPython的特点。可通过以下方式进行隔离：

from Bio import Restriction as rst

rst.EcoRI

最后一行使用

AttributeError:type对象'RestrictionType'没有属性'size'

，使IPython控制台崩溃，而它在Python控制台中运行正常。奇怪的是，两者都是：

rst.EcoRI.size
getattr(rst.EcoRI, "size")

在IPython控制台中给出预期的“6”

---

以下是我的解决方法，动态生成酶（在IPython上）：

---

我还尝试了一些关于这种格式的问题，可能很快就会改变这个模块，他们想改变它。(及)

from Bio.Restriction import Restriction as rst
from Bio.Restriction.Restriction_Dictionary import rest_dict, typedict

def create_enzyme(name):
    e_types = [x for t, (x, y) in typedict.items() if name in y][0]
    enzyme_types = tuple(getattr(rst, x) for x in e_types)
    return rst.RestrictionType(name, enzyme_types, rest_dict[name])

rb = create_enzyme("EcoRI") + create_enzyme("MstI")
# Or if you have a long list of restriction enzymes:
# enzyme_list = ["EcoRI", "MstI"]
# rb = reduce(lambda x, y: x + y, map(create_enzyme, enzyme_list))

# Now it works

ana = rst.Analysis(rb, g, linear=True)
ana.with_sites()

Out[43]:

{__main__.EcoRI: [1440,
                  4108,
                  12547,
                  ...