Python查找函数不工作。我做错了什么？

我是一个程序员爱好者（我的专业是生物学），所以如果代码太糟糕，我道歉

无论如何，我正在做一个rosalind.info练习（），它想让我找到每个索引，其中一个特定的DNA基序包含在一个更大的DNA序列中。基本上，我需要在字符串中找到子字符串的索引。应该很容易吧？嗯，也许你能帮我

这是我的代码：

with open('rosalind_subs.txt') as f:
    seq = f.readline()
    seq.strip()
    subs = f.readline()
    subs.strip()
    break

def finder(x, y):
    index = x.find(y)
    return index

print("sequence is: " + seq)
print("subs is: " + subs)

print(finder(seq, subs))

这是我的输出：

sequence is:  ACCAGTCTCTTTTTTCTCTTTTCTCTTTTCTCTTTTGACCCTCTTTTCGTCACTCTTTTACCTCTTTTTCTCTTTTACTCTTTTCTCTTTTACTCTTTTACTCTTTTAGCGCAGATCTCTTTTCTCTTTTGGCTCTTTTGTCATCCTCTTTTAGACTCTTTTGGGAAGCGACGCCTCTTTTCTCTTTTCTCTTTTGCCTCTTTTTATAACCTAAAAGACTCTTTTCCCTCTTTTCCGATTTGCCAAGGGCTCTCTTTTCTCTTTTGCTCTTTTCTCTTTTCTCTTTTTACTCTTTTCTCTTTTCGCCCCAAGATTAACTCTTTTTCTCTTTTCTCTCTTTTTTCCTCTTTTCTCTTTTGAATTGACCTCTTTTTCTCTTTTTTTGGGCCGCTCTTTTCTCTTTTACTCTTTTCTCTCTTTTAACAGCTCTTTTCCTTCTCTTTTGTCTCTTTTAGTATACTCTTTTACTCTTTTCTCTTTTCTCTCTTTTACTCTTTTGCTCTTTTCTCTTTTTGTCTCTTTTGCCCTGTCTCTTTTCACGCTTCTCTTTTAGTGTACTCTTTTACTCTTTTTGGCTCTTTTCGAATTTGTTAGCTCTTTTGCTCTTTTCTCTTTTGCTCTTTTGTCTCTTTTGATCAGATTCTCTTTTTCTCTTTTCTCTTTTCCTTAAGCAGATTTCTCTTTTCTCTTTTTCTCTCTTTTGCTCTTTTACTCTTTTACTGCTTTCTCTTTTACAACCTCTTTTACTCTTTTAAGCTCTTTTCTCTTTTGCGCCTCTTTTCCTCCCCTCTTTTTAGCTCTTTTCTCTTTTTCGCTCTTTTCAGCTCTTTTCACTCTTTTGTTTTGAGCTCTTTTCAGACTCTTTTATCCTCTTTTTTCCTCTTTTAGCGCTCTTTTGTAGCCTCTTTT

motif is: CTCTTTTCT

-1

***Repl Closed***

我把

***Repl关闭了***

放在那里，想尽一切办法。也许这和Supreme REPL有关

---

不管怎么说，你可能不能仅仅通过观察来判断，但是这个基序实际上在DNA序列中被发现了很多次，只是查找功能没有检测到它。给出了什么？

中断不适用于范围。请删除并尝试它。我已经测试了下面的代码

with open('rosalind_subs.txt') as f:
    seq = f.readline()
    seq.strip()
    subs = f.readline()
    subs.strip()

def finder(x, y):
    index = x.find(y)
    return index

print("sequence is: " + seq)
print("subs is: " + subs)

print(finder(seq, subs))

输出是

>>> 
sequence is: ACCAGTCTCTTTTTTCTCTTTTCTCTTTTCTCTTTTGACCCTCTTTTCGTCACTCTTTTACCTCTTTTTCTCTTTTACTCTTTTCTCTTTTACTCTTTTACTCTTTTAGCGCAGATCTCTTTTCTCTTTTGGCTCTTTTGTCATCCTCTTTTAGACTCTTTTGGGAAGCGACGCCTCTTTTCTCTTTTCTCTTTTGCCTCTTTTTATAACCTAAAAGACTCTTTTCCCTCTTTTCCGATTTGCCAAGGGCTCTCTTTTCTCTTTTGCTCTTTTCTCTTTTCTCTTTTTACTCTTTTCTCTTTTCGCCCCAAGATTAACTCTTTTTCTCTTTTCTCTCTTTTTTCCTCTTTTCTCTTTTGAATTGACCTCTTTTTCTCTTTTTTTGGGCCGCTCTTTTCTCTTTTACTCTTTTCTCTCTTTTAACAGCTCTTTTCCTTCTCTTTTGTCTCTTTTAGTATACTCTTTTACTCTTTTCTCTTTTCTCTCTTTTACTCTTTTGCTCTTTTCTCTTTTTGTCTCTTTTGCCCTGTCTCTTTTCACGCTTCTCTTTTAGTGTACTCTTTTACTCTTTTTGGCTCTTTTCGAATTTGTTAGCTCTTTTGCTCTTTTCTCTTTTGCTCTTTTGTCTCTTTTGATCAGATTCTCTTTTTCTCTTTTCTCTTTTCCTTAAGCAGATTTCTCTTTTCTCTTTTTCTCTCTTTTGCTCTTTTACTCTTTTACTGCTTTCTCTTTTACAACCTCTTTTACTCTTTTAAGCTCTTTTCTCTTTTGCGCCTCTTTTCCTCCCCTCTTTTTAGCTCTTTTCTCTTTTTCGCTCTTTTCAGCTCTTTTCACTCTTTTGTTTTGAGCTCTTTTCAGACTCTTTTATCCTCTTTTTTCCTCTTTTAGCGCTCTTTTGTAGCCTCTTTT

subs is: CTCTTTTCT
15

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也是这里的一位生物学家

首先，通过使用

splitlines（）

，可以改进要在序列中读取的代码和motif，它负责删除换行符。还请注意，我是如何同时指定

seq

和

motif

变量的

with open('rosalind_subs.txt') as f:
    seq, motif = f.read().splitlines()

接下来，您正确地注意到

find

只返回第一次出现的motif的索引。要查找所有出现的情况，请了解find接受另一个可选参数

start

。如果你提供了，它会从索引位置开始查看。在循环中使用它，您将获得所有索引

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另一种方法是使用。注意，图案可能相互重叠，因此您需要使用。

也许您可以在while循环之后打印seq和subs。实际上，我不理解while循环，因为它会在第一次迭代时中断。这段代码不会运行，因为缩进没有意义。缩进在python中很重要，即使是在SO上发布缩进。

seq.strip（）

不会改变

seq

。它返回一个您要丢弃的字符串。您知道如何使用调试器吗。您使用的是哪个IDE？也许你应该使用pycharm并熟悉调试器。@Jérôme是的，while循环毫无意义。我忘了我是怎么想的。我吃了它。谢谢检查OP。