Python BRATS17网络运行的参数

晚上好,， 我试图用他们与NiftyNet的级联卷积网络重现Wang等人的结果。 尽管如此，在尝试培训CNN时：

net_run train -c train_whole_tumor_sagittal.ini --app brats_segmentation.BRATSApp --name anisotropic_nets.wt_net.WTNet

它确实启动了brats_分段应用程序并创建了csv，但我发现以下错误：

Traceback (most recent call last):
File "/home/anaconda3/envs/NiftyNet/bin/net_run", line 11, in <module>
sys.exit(main())
File "/home/anaconda3/envs/NiftyNet/lib/python3.5/site-packages/niftynet/__init__.py", line 114, in main
app_driver.initialise_application(system_param, input_data_param)
File "/home/anaconda3/envs/NiftyNet/lib/python3.5/site-packages/niftynet/engine/application_driver.py", line 185, in initialise_application
data_param, app_param, data_partitioner)
TypeError: initialise_dataset_loader() takes from 1 to 3 positional arguments but 4 were given

我不知道怎么解决这个问题！ 因此，我们欢迎所有的帮助。致意

Paul

看来net_run正在调用旧版本的brats_分段应用程序

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使用最新的model zoo版本的应用程序应该可以工作，请参阅自述文件：

它确实可以与预训练的权重一起工作，但是我正在尝试重新训练没有T2的网络，这是经典的，因为它没有被应用到临床实践中，因为天赋已经足够了。似乎可以使用net_segmentation应用程序而不是brats_segmentation.BRATSApp。不确定区别是什么。brats_segmentation.py是一个简化版本，没有数据增强、加权采样等应用程序/segmentation_application.py，它在model zoo中主要作为定制应用程序的演示。