Python Snakemake-使用sftp下载数据的规则

我想从一个密码保护的FTP服务器下载文件，使用Snakemake规则。我已经看到了关于使用通配符指定它的答案。也可以使用输入而不运行

MissingInputException

FILES = ['file1.txt',
         'file2.txt']

#remote file retrieval

rule download_file:
    # replacing input by output would download all files in one job?
    input:
        file = expand("{file}", file=FILES)
    shell:
        # #this assumes your runtime has the SSHPASS env variable set
        "sshpass -e sftp -B 258048 server<< get {input.file} data/{input.file}; exit"

FILES=['file1.txt'，
'file2.txt']
#远程文件检索
规则下载文件：
#用输出替换输入会在一个作业中下载所有文件吗？
输入：
file=展开（“{file}”，file=文件）
外壳：
##这假设您的运行时设置了SSHPASS env变量
“sshpass-e sftp-B 258048服务器我还没有测试过这个，但我猜类似的东西应该可以工作！我们说我们想要的所有输出都在
规则中。然后我们有下载规则来下载这些。我没有使用snakemake.remote的经验，所以我可能在这方面完全错了

from snakemake.remote.SFTP import RemoteProvider
SFTP = RemoteProvider()

FILES = ['file1.txt',
         'file2.txt']

rule all:
    input:
        FILES
    
rule download_file:
    input:
        SFTP.remote("{filename}.txt")
    output:
        "{filename}.txt"
    # shell:   # I am not sure if the shell keyword is required, if not, then you can remove these two lines. 
    # The : does nothing, just for the sake of having something there
    #     ":"

因此，我最终使用了以下方法。诀窍是如何使用
将命令传递给sftp我不明白您为什么要使用url作为输入？输出是什么？我目前正在休假，因此可能很难找到时间回答您的问题。是的，它应该是输出的。当我第一次编写它时，我有我的通配符扩展未正确设置。我必须找出如何正确提供密码。（最后，我希望避免密码在任何地方显式记录，而只是作为环境变量从一个执行外壳传递到下一个执行外壳，供程序执行。如果这不是一个先决条件，似乎可以工作。）（snakemake.remote.SFTP
基于它。@enryh，您可以查看一下刚才传递的参数，所以我会检查一下。我尝试为我运行：）
envvars:
    "SSHPASS"

#remote file retrieval
# #Idea: Replace using SFTP class
rule download_file:
    output:
        raw = temp(os.path.join(config['DATADIR'], "{file}", "{file}.txt"))
    params:
        file="{file}.txt"
    resources:
        walltime="300", nodes=1, mem_mb=2048
    threads:
        1
    shell:
        "sshpass -e sftp -B 258048 server <<< \"get {params.file} {output.raw} \""