在IPython笔记本中获取r data.frame

使用IPython时，我可以从命令行获取data.frame对象，如下所示：

 In [1]: import pandas as pd

 In [2]: df = pd.DataFrame({'a':[1,2,3],'b':[2,4,6]})

 In [3]: df
Out[3]:
   a  b
0  1  2
1  2  4
2  3  6

In [4]: %load_ext rmagic

In [5]: col =df.columns

In [6]: %R -i df,col colnames(df) <- unlist(col); print(is.matrix(df))
[1] FALSE


In [7]: %R rdf <- data.frame(df); print(is.data.frame(rdf))
[1] TRUE


In [8]: %R print(summary(rdf))
       a             b
 Min.   :1.0   Min.   :2
 1st Qu.:1.5   1st Qu.:3
 Median :2.0   Median :4
 Mean   :2.0   Mean   :4
 3rd Qu.:2.5   3rd Qu.:5
 Max.   :3.0   Max.   :6


In [9]: %R -d rdf

In [10]: pydf2 = pd.DataFrame(rdf)

[1]中的

：将熊猫作为pd导入
[2]中的df=pd.DataFrame（{'a'：[1,2,3]，'b'：[2,4,6]}）
In[3]：df
出[3]：
a b
0  1  2
1  2  4
2  3  6
在[4]中：%加载
在[5]中：col=df列
在[6]中：%R-i df，col colnames（df）2205返回self.run\u line\u magic（magic\u name，magic\u arg\s）
2206
2207     #-------------------------------------------------------------------------
/run\u line\u magic中的usr/local/lib/python2.7/dist-packages/IPython/core/interactiveshell.pyc（self，magic\u name，line）
2124 kwargs['local\u ns']=sys.\u getframe（堆栈深度）.f\u locals
2125带自建存水弯：
->2126结果=fn（*args，**kwargs）
2127返回结果
2128
/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/IPython/extensions/rmagic.pyc in R（self、line、cell、local_ns）
/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/IPython/core/magic.pyc in（f，*a，**k）
191#但这一点对国家来说太过分了。
192 def魔术装饰（arg）：
-->193调用=λf，*a，**k:f（*a，**k）
194
195如果可调用（arg）：
/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/IPython/extensions/rmagic.pyc in R（self、line、cell、local_ns）
663如果args.dataframe：
664用于“，”.join（args.dataframe）.split（“，”）中的输出：
-->665 self.shell.push（{output:self.Rconverter（self.r（output），dataframe=True）}）
666
667对于标签，在显示数据中显示：
/Rconverter中的usr/local/lib/python2.7/dist-packages/IPython/extensions/rmagic.pyc（Robj，dataframe）
121 as_data_frame=ro.r（'as.data.frame'））
122列=列名称（Robj）
-->123 _name=名称（Robj）
124如果cols！=ri.NULL：
125 Robj=作为数据帧（Robj）
TypeError:“StrVector”对象不可调用

有人知道如何处理这个问题吗

谢谢

软件和系统概要：

• IPython 2.3.0版
• python版本2.7.3
• rpy2版本2.5.2
• R版本3.1.2
• Ubuntu 12.04.5

---

在IPython笔记本中，需要使用

%load\u ext rpy2.IPython

而不是

%load\u ext rmagic

从R获取数据帧。

您是否尝试过

%load\u ext rpy2.IPython

？

%rmagic

最近从

ipython

的基地转移到了

rpy

的基地。谢谢你告诉我这件事。我现在有一个解决办法

%R-d

不起作用，但使用

%Rget

我成功地从R获取了data.frame

---------------------------------------------------------------------------
TypeError                                 Traceback (most recent call last)
<ipython-input-48-04a06535eeef> in <module>()
----> 1 get_ipython().magic(u'R -d rdf')

/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/IPython/core/interactiveshell.pyc in magic(self, arg_s)
   2203         magic_name, _, magic_arg_s = arg_s.partition(' ')
   2204         magic_name = magic_name.lstrip(prefilter.ESC_MAGIC)
-> 2205         return self.run_line_magic(magic_name, magic_arg_s)
   2206 
   2207     #-------------------------------------------------------------------------

/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/IPython/core/interactiveshell.pyc in run_line_magic(self, magic_name, line)
   2124                 kwargs['local_ns'] = sys._getframe(stack_depth).f_locals
   2125             with self.builtin_trap:
-> 2126                 result = fn(*args,**kwargs)
   2127             return result
   2128 

/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/IPython/extensions/rmagic.pyc in R(self, line, cell, local_ns)

/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/IPython/core/magic.pyc in <lambda>(f, *a, **k)
    191     # but it's overkill for just that one bit of state.
    192     def magic_deco(arg):
--> 193         call = lambda f, *a, **k: f(*a, **k)
    194 
    195         if callable(arg):

/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/IPython/extensions/rmagic.pyc in R(self, line, cell, local_ns)
    663         if args.dataframe:
    664             for output in ','.join(args.dataframe).split(','):
--> 665                 self.shell.push({output:self.Rconverter(self.r(output), dataframe=True)})
    666 
    667         for tag, disp_d in display_data:

/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/IPython/extensions/rmagic.pyc in Rconverter(Robj, dataframe)
    121         as_data_frame = ro.r('as.data.frame')
    122         cols = colnames(Robj)
--> 123         _names = names(Robj)
    124         if cols != ri.NULL:
    125             Robj = as_data_frame(Robj)

TypeError: 'StrVector' object is not callable