Python 如何计算MDtraj中原子对之间的距离？

我想计算两个氢原子之间的距离。我想使用MDtraj模块来实现这一点

但我得到了一个错误：

这是密码

coord=md.load（'alanine-dipeptide-nowater.pdb'））
h1=np.数组（[（4.25924471,0.81），（-0.00823.118，-0.407）]）
md.compute_距离（坐标，h1）

h1是第一个氢原子和第二个氢原子的坐标。 数据文件在这里

有人能找出我为什么会犯这个错误吗？

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谢谢

mdtraj.compute_distances的参数

atom_pairs

需要一个数组，其中每一行给出参与相互作用的两个原子的指数（而不是坐标）：

>>> import numpy as np
>>> import mdtraj as md

>>> coord = md.load('alanine-dipeptide-nowater.pdb')
>>> h1 = np.array([[7, 17]], dtype=np.int32)
>>> md.compute_distances(coord, h1)
array([[0.46388564]], dtype=float32)

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您能分享错误的完整回溯吗？从文档中，

atom\u pairsnp.ndarray，shape=（num\u pairs，2），dtype=int

h1=np。数组（[[1]，[2]]）

可能会解决您的问题，其中1是第一个原子的索引，2是第二个原子的索引atom@astrick我添加了完整的回溯错误。@OsmanMamun我尝试了这个，但错误仍然存在。