如何在没有biopython的情况下将多行fasta文件转换为单线fasta文件

我有几个大的fasta文件，其中序列保存在多行中

>header1
AGTCGTAGCTACGTACGTACGTGTACGTACGTA
TGACGTACGTAGCTGCATGCTA
>header2
TGCAGATCGTAGTCGATGCTAGTGCATGCATGT
ACGTAGTGCAG
...

我想把它转换成fasta文件，在那里序列被合并成一行

>header1
AGTCGTAGCTACGTACGTACGTGTACGTACGTATGACGTACGTAGCTGCATGCTA
>header2
TGCAGATCGTAGTCGATGCTAGTGCATGCATGTACGTAGTGCAG
...

我的fasta文件非常大，因此我需要一种内存高效的方法（因为序列文件比我的内存大）。因此，我不能使用Biopython（下面是我与Biopython的问题的解决方案，以防这对任何人都有帮助，这是来自）

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以下操作将一次处理一行文件：

with open('input.fasta') as f_input, open('output.fasta', 'w') as f_output:
    block = []

    for line in f_input:
        if line.startswith('>header'):
            if block:
                f_output.write(''.join(block) + '\n')
                block = []
            f_output.write(line)
        else:
            block.append(line.strip())

    if block:
        f_output.write(''.join(block) + '\n')

为您提供

输出。fasta

包含：

>标题1
AGTCGTAGCTACGTACGTACGTACGTACGTATGACGTACGTGAGTCGTCATGCTA
>校长2
TGCAGATCGTAGTCGATGCTAGTGCATGCATGTACGTAGTGCAG

使用以下答案，所有ID和序列将在同一行中，我希望获得一行中的标题以及另一行中序列的所有行

with open('input.fasta') as f_input, open('output.fasta', 'w') as f_output:
    block = []

    for line in f_input:
        if line.startswith('>header'):
            if block:
                f_output.write(''.join(block) + '\n')
                block = []
            f_output.write(line)
        else:
            block.append(line.strip())

    if block:
        f_output.write(''.join(block) + '\n')

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你的python版本是什么？python版本是3.7.5

with open('input.fasta') as f_input, open('output.fasta', 'w') as f_output:
    block = []

    for line in f_input:
        if line.startswith('>header'):
            if block:
                f_output.write(''.join(block) + '\n')
                block = []
            f_output.write(line)
        else:
            block.append(line.strip())

    if block:
        f_output.write(''.join(block) + '\n')