为什么pip安装biopython失败（但其他软件包成功）？

我正在尝试将python包安装在一组开发人员共享的目录中。我们没有sudo的许可。这适用于某些软件包（如seqmagick），但不适用于其他软件包（如biopython）。谁能告诉我那些失败的人有什么不同吗。还有什么解决办法吗

$ pip --version
pip 1.5.4 from /usr/lib/python2.7/dist-packages (python 2.7)

我在当前目录中创建了一个setup.cfg文件

[install]
install-base=/tmp/group/python
install-purelib=$base/lib
install-platlib=$base/lib.$PLAT
install-scripts=/tmp/different/bin
install-headers=$base/include
install-data=$base/data

下面的工作，一切都在正确的地方结束：

$pip安装--无deps seqmagick

但事实并非如此

$pip安装--无deps biopython

失败是,

running install_lib
creating /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/BioSQL
error: could not create '/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/BioSQL': Permission denied

当setup.cfg方案指向其他地方时，为什么pip（或setup.py？）要在/usr/local中安装东西

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提前感谢您提供的任何见解。

可能是因为您有一个非常旧的pip版本，请首先尝试以下内容：

pip install pip --upgrade

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交叉参考

这是该工具的主要设计案例之一，使用户可以轻松、简单地将软件包安装到非系统范围的位置。在pip中使用

--no-dep

似乎是不可取的，因为pip是一个包管理器，您正在破坏包管理的主要功能之一；这几乎可以保证安装的软件包在有依赖项的情况下无法工作。如果可以，请使用VirtualNV。我感谢您的回复。我添加了

--no-dep

，以避免将问题与安装的一长串依赖项混淆。我想把问题缩小到两个包——一个尊重setup.cfg，另一个不尊重setup.cfg。在对此进行了一段时间的探索之后，似乎在不使用virtualenv的情况下，在非标准位置安装软件包（包括轮子）的唯一可靠方法是使用

--user

和

PYTHONUSERBASE

。不幸的是，您无法将脚本拆分到不同的位置。