带有.pdb文件的python
我正在从事生物工程。带有.pdb文件的python,python,bioinformatics,biopython,chemistry,Python,Bioinformatics,Biopython,Chemistry,我正在从事生物工程。 我有.pdb（蛋白质数据库）文件，其中包含有关分子的信息 我想在.pdb文件中找到以下分子： 分子质量 H键供体 氢键受体 LogP 折射率 python中是否有任何模块可以在查找此文件时处理.pdb文件？ 如果没有，那么谁能告诉我怎么做 我发现了一些模块，如sekutils和proteenparam，但它们不做这些事情。 我先做了调查，然后发了帖子，所以请不要否决投票。 请评论，如果你仍然反对投票，你为什么这样做 提前谢谢。我不知道它是否适合您的需要，但看起来可能会有所帮
我有
.pdb.pdb.pdb如果没有，那么谁能告诉我怎么做 我发现了一些模块，如
sekutilsproteenparam我先做了调查，然后发了帖子，所以请不要否决投票。
请评论，如果你仍然反对投票，你为什么这样做
提前谢谢。我不知道它是否适合您的需要，但看起来可能会有所帮助。我不知道它是否适合您的需要，但看起来可能会有所帮助。pdb文件可以包含几乎任何内容。 许多项目允许您解析它们。一些特定于生物学和pdb文件，另一些不太特定，但这将允许您进行更多操作（设置计算、测量距离、角度等） 我认为你被否决是因为这些项目太多了：你不是唯一一个想要这样做的人，所以完全符合你需要的东西存在的可能性非常高 也就是说，如果您只是想针对这种特定需求解析pdb文件，只需自己动手：
- 用文本编辑器打开文件
- 确定相关数据的位置（关键字等）
- 制作一个Python函数，打开文件并查找关键字
- 从文件中提取图形
- 完成了
这可以在不到10分钟的时间内编写一个简短的脚本来完成（这也是进行向下投票的另一个原因）。pdb文件可以包含几乎任何内容。 许多项目允许您解析它们。一些特定于生物学和pdb文件，另一些不太特定，但这将允许您进行更多操作（设置计算、测量距离、角度等） 我认为你被否决是因为这些项目太多了：你不是唯一一个想要这样做的人，所以完全符合你需要的东西存在的可能性非常高 也就是说，如果您只是想针对这种特定需求解析pdb文件，只需自己动手：
- 用文本编辑器打开文件
- 确定相关数据的位置（关键字等）
- 制作一个Python函数，打开文件并查找关键字
- 从文件中提取图形
- 完成了
这可以在不到10分钟的时间内编写一个简短的脚本来完成（其他原因是向下投票）。
PDBXMLPDBMLXMLhttp://pdbml.pdb.org/
PDBXMLPDBMLXMLhttp://pdbml.pdb.org/
嗯，具有讽刺意味的是，你得到了下载只做
导入pdb；pdb.set_trace（）抱歉，无法抵抗。@Johannesharra是它的pdb文件，而不是pdb模块。蛋白质数据文件（pdb）嘿，JohannesCharra——在找到这个问题之前，我也在谷歌上搜索了一下。大多数结果都与pdb调试器有关。这实际上使查找.pdb文件变得很困难；我不得不修改查询，但仍然发现大部分错误结果。通过这样的回答，你也让其他人更难找到有用的部分…：（嗯，具有讽刺意味的是，你被拒绝了，只需执行导入pdb；pdb.set_trace（）