Python 将一个文件中的两列分开，并将新列中的输出打印到多个文件的同一文件中

我有很多VCF格式的文件，看起来就是这样

1   127573  rs7 G   A   79.78   .   AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DB;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.96;ReadPosRankSum=1.231  GT:AD:DP:GQ:PL  0/1:2,3:5:27:108,0,27

其中我需要将最后一列的第二部分分开，并在新列中打印输出。。从上面的例子中，它的3和5（从第10列0/1:2,3:5:27:108,0,27）以及它应该是什么样子的输出，即0.6（ie 3/5）作为最后一列

 1  127573  rs7 G   A   79.78   .   AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DB;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.96;ReadPosRankSum=1.231  GT:AD:DP:GQ:PL  0/1:2,3:5:27:108,0,27 0.6

为了实现这一点，我在unix中使用了awk，如下所示

cat result_1 |cut -f10 | sed 's/:/\t/g' >sample
cat sample | cut -f2 | sed 's/,/\t/g' | awk '$2!=0 || $3!=0{print $1"\t"$2"\t"$2/$3}' >result_1 

但它抱怨说

awk: (FILENAME=- FNR=1) fatal: division by zero attempted

Python或Perl中的任何其他替代解决方案都将非常好

awk '{split($NF, a, /[,:]/); $(++NF) = a[3]/a[4]; print}' file

好，除以零：

awk '{split($NF, a, /[,:]/); $(++NF) = (a[4]==0 ? "Inf" : a[3]/a[4]); print}' file

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下面是一种perl方法：

perl -ne 'chomp;if(/\t[^, ]+,(\d+):0*([1-9]\d*)[\S ]*$/){$n=$1;$d=$2;print("$_\t",$n/$d,"\n")}else{print("$_\t\n")}' < result_1 > result_1.new

perl-ne'chomp；如果（/\t[^，]+，（\d+）：0*（[1-9]\d*）[\S]*$/）{$n=$1；$d=$2；打印（$\t），$n/$d，“\n”）}其他{print（$\t\n”）}result\u 1.new

这就行了。它将确保匹配中的分母（[1-9]\d*）为非0正值，并允许在前面加上“0*”的前导零

chomp去掉了硬回车（“\n”），所以它被钉在印刷品上

它确保您正在解析从最后一个选项卡到字符串末尾的最后一列，并允许使用空格

-n将代码包装在while（）{…}中

它添加了一个制表符，即使有被零除的情况，但在这种情况下，最后一列为空

如果您想覆盖原始文件，可以在以后对该文件进行mv，但我更喜欢将其保存为备份

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在perl或其他语言中可能存在一种更简洁/可读的方法，但这就足够了。

如果$2不为零，则无论$3是否为零，awk操作都将执行，因此如果为零，则您将从

$2/$3

中得到一个除以零的结果。问题在于你的逻辑，而不是你正在使用的工具；实际上不需要临时文件和管道、cats、cuts和sed，因为awk可以在一个命令中自己完成所有需要的事情。如果你把你的例子简化一点，我相信有人会看一看-现在输入行太长，充满了太多不相关的细节，很多人都不想费心去理解它。请你提出一个替代的解决方案……用awkSure，只需按照我的要求去做，然后编辑你的问题，使用更简单的输入/输出，首先演示你的问题。我看不出为什么我们需要尝试理解一个包含大约20个字段的示例，有些字段有自己的10多个字段——比如说，创建5个字段，每个字段中包含3个子字段。也- IDK如果您显示的输入是“Reult1”或“示例”的内容，请确保您不必将“结果1”显示给“样本”，这将改变字段之间的空白。请考虑编辑您的帖子，以添加更多关于代码的解释以及它为什么会解决问题的解释。一个只包含代码的答案（即使它正在工作）通常不会帮助OP理解他们的问题。脚本给出的错误与之前给出的错误相同..awk:cmd。行：1：（FILENAME=BM\u CR\u pat\u 4.vep FNR=1）致命：尝试零除..感谢您的解决方案，但此Perl one行不会更改结果中的任何内容。新文件不确定我是否理解您的意思。当我在您给出的示例中使用它时，它会在末尾添加一个值为0.6的列。也许您还有其他数据，其最后一列的格式不同？此解决方案要求最后一列包含逗号、数字、冒号和另一个数字（该序列的第一次出现），然后是非空格和行尾的空格。尾随选项卡将破坏此解决方案。所有这些都可以解释，但我必须看到所有的可能性。如果在这个例子中不起作用，我必须看到你试图找出不同之处。