Python pysam模块导入导致错误
正在努力定义导致此错误的原因 让anaconda安装并使用conda安装pysam,工作了一段时间,但突然出现了这个错误Python pysam模块导入导致错误,python,bioinformatics,anaconda,samtools,Python,Bioinformatics,Anaconda,Samtools,正在努力定义导致此错误的原因 让anaconda安装并使用conda安装pysam,工作了一段时间,但突然出现了这个错误 >>> import pysam Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line 1, in <module> File "/Users/Nick/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pysam/__init__.py", l
>>> import pysam
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/Users/Nick/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pysam/__init__.py", line 125, in <module>
[ "SamtoolsError", "SamtoolsDispatcher" ] + list(SAMTOOLS_DISPATCH) +\
AttributeError: 'module' object has no attribute '__all__'
你知道这是什么原因吗 Ok,使用conda卸载,也使用pip卸载,然后重新安装pip似乎可以修复它 模块的其他部分仍有一些错误,但正在修复
谢谢你的建议 嗯,你在用哪个操作系统?在这里,它似乎在OSX上工作。蟒蛇的pysam版本似乎不是最新版本。pip是否为您安装了一个选项?是的,您现在也使用了pip。OSX。在工作PC上尝试过,它是VM debain,并且与pip一起工作。在MacTho上还是坏掉了…你也有同样的错误吗?似乎在这里工作。
# hack to export all the symbols from csamtools
__all__ = \
csamtools.__all__ + \
ctabix.__all__ + \
cvcf.__all__ +\
[ "SamtoolsError", "SamtoolsDispatcher" ] + list(SAMTOOLS_DISPATCH) +\
["Pileup" ]