在python 3.5中写入Gzip格式的fasta文件

我刚刚将工具中的所有模块从Python2迁移到Python3。我遇到了一个我无法解决的问题——我不知道如何写入Gzip文件

with gzip.open("sample.fasta.gz", "w") as file:
    print("writing...")
    for oid, seq in temp_data.items():
        # prepare row
        row = SeqRecord(Seq(seq), id=str(oid), description=temp_tax[oid])
        SeqIO.write(row, file, "fasta")

此代码适用于python 2，但不适用于python 3，它会引发：

TypeError:memoryview:需要类似字节的对象，而不是“str”

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如何解决此问题？

尝试将从

SeqRecord

返回的字符串转换为

字节

对象

byte_row = record.format('').encode()

以

字符串的形式返回记录

将
字符串
转换为
字节
对象。
与常规的
打开
函数不同，默认为二进制模式，而不是文本模式。您必须将
t
作为模式字符串的一部分显式传递，以在文本模式下打开（该模式接受/期望
str
）：

byte_row = record.format('').encode()

为了避免行结束转换，您可能还希望（空字符串），以便在Windows这样的系统上，它在写入时不会将
\n
转换为
\r\n
。
我完全忘记了
t
选项。谢谢