Python 盗取多个配置文件？

关于snakemake和使用多个配置文件的快速问题

我正在为基因组预处理创建一个相当大的管道，其想法是它对用户友好，并且在用户能力方面具有最低的公分母

因此，不允许用户在主配置文件中定义某些工具使用的线程。我想实现snakemake的“workflow.cores*percentage”功能，也就是说；我可以为每个工具指定总内核的百分比（如命令行中用--cores#定义的）

这使得事情变得简单，并且不会让用户对主配置文件中的所有选项感到困惑。但是我仍然希望允许用户根据自己的意愿微调线程的数量。我的想法是，我有一个不带线程号的主配置文件，还有一个带线程号的第二个配置文件

如果用户决定使用自己确定数量的线程，他们只需（在主配置中）在一个类似于：manualThreadChoice：“yes”的键中提供肯定

在Snakefile中有一个简单的if语句，如果manualThreadChoice是肯定的，那么它将相应地为相应的规则提供线程数，否则只使用自动定义的线程百分比

根据biostars上的这个问题：

现在可以定义多个配置文件

见评论：

“感谢您报告此问题。这是因为snakemake现在更新了支持多个配置文件的API。根据他们的日志，配置文件已更改为configfiles。请参阅：snakemake。”/snakemake@23624ee#diff-88e96378bf2405c8a8f8ac971519039e。”

因此，与其用

configfile: "path/to/config.yaml"

我们可以使用：

configfiles: 

我的问题是，我们是否提供两个单独的路径作为文件列表的一部分： i、 e

然后我们如何从不同的配置中访问密钥。因为对于单个配置文件，我们将使用：

config['key']

我尝试使用索引访问不同的配置文件：

config[0]['key']

但这不起作用

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我正在使用Snakemake 5.7.0，我相信它是一个具有多配置文件功能的版本。

如果打印配置文件，输出是什么？我猜它们只是互相覆盖。根据我在源代码中看到的一条评论（

#获取要覆盖的值。以后的配置文件覆盖以前的配置文件。

），我相信@Maarten vd Sande是正确的。

config

dict将包含解析连续配置文件时最后获得的条目。如果打印配置，输出是什么？我猜它们只是互相覆盖。根据我在源代码中看到的一条评论（

#获取要覆盖的值。以后的配置文件覆盖以前的配置文件。

），我相信@Maarten vd Sande是正确的。

config

dict将包含解析连续配置文件时最后获得的条目。

config[0]['key']