Python Mpdboot:弃用警告

我试图使用mpdboot命令启动4个处理器，在这些处理器上运行我的MPI程序。我创建了一个包含4个节点（75、77、79和80）的mpd.hosts文件。它们都运行python 2.3.4。我还修改了bashrc和cshrc文件，以确保变量包含编译器库目录的路径。我还设置了mpd.conf文件，并检查它是否具有rw（600）权限

我在运行mpdboot时复制了输出屏幕下方的内容

[n@heart]$mpdboot-n4-rsh

：38:弃用警告：popen2模块已弃用。使用子流程模块

n@75用户密码：xxx

n@77用户密码：xxx

n@79用户密码：xxx

n@80用户密码：xxx

mpdboot\u heart.int（错误退出526）：mpd无法在heart.int上正确启动

原因：0:来自mpd/opt/intel/mpi/2.0/bin/mpd的端口无效。py:85:弃用警告：md5模块已弃用；改用hashlib

杀死

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第2部分：

我还登录到其中一个节点并尝试运行mpdboot。下面是这样做的输出

[n@79~]$mpdboot-n4-rsh

n@75用户密码：xxx

n@77用户密码：xxx

n@79用户密码：xxx

n@80用户密码：xxx

mpdboot_79_0（mpdboot 499）：在1 75的mpd（启动）启动期间检测到问题；输出：

权限被拒绝，请重试

n@75的密码：权限被拒绝，请重试

n@77的密码：mpdboot_79_0（mpdboot 515）：在2 77的mpd（启动）启动过程中检测到问题；输出：

权限被拒绝，请重试

权限被拒绝（公钥、带麦克风的gssapi、密码）

n@77的密码：权限被拒绝，请重试

权限被拒绝（公钥、带麦克风的gssapi、密码）

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我应该如何处理这个问题呢？

mpdboot与这样一个版本的python兼容吗？这是非常古老的，我甚至不知道还有任何发行版仍然发行2.3版。您尝试过2.7吗？

有几点：

你真的不再爱我了。该流程管理器已被弃用并替换为

您必须使用旧版本的MPD（旧版本的MPICH2），因为AFAIK所有这些弃用警告在1.1版本中都已修复。我怀疑您是否真的在运行Python 2.3.4，因为我认为这些警告是在2.6版中添加到Python中的

关于“第2部分”，您的ssh配置不好。您需要确保无密码ssh（带有ssh密钥）在所有主机之间正常工作。即使您切换到hydra process manager，这也是必要的，尽管在这种情况下，您可能会收到更好的错误消息

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如何检查兼容性？我正在使用“英特尔MPI库Linux*操作系统入门指南”，它说我必须验证已安装的Python版本是否为2.2或更高版本。我目前安装的是2.3。4@Ashmohan：这似乎表明它得到了支持。在这一点上，您应该查看您的代码并检查其中的bug。弃用警告（大部分）是无害的——它们只是意味着您正在调用的函数可能会在将来的版本中被删除。谢谢Dave。当我使用ssh-python-V时，它确实为我提供了2.3.4。此外，就上述问题而言，这可能是我如何链接iccvars.sh、bashrc或cshrc文件的问题吗？我可以发布这些内容和路径，如果这有助于提供一些信息的话。尝试更新到MPICH2（1.4）的版本并使用hydra。这将完全避免python和MPD问题（不再需要mpdboot步骤）。不过，您仍然需要解决无密码ssh问题。太好了！非常感谢。所以，一旦我有了这个…下一步是什么？我确实有一个MPI应用程序要运行。我在一个有4个处理器的节点上测试了它。我使用mpirun命令提交作业。这一切都是因为我试图使用更多的节点……因此，一旦安装了MPICH（1.4），在提交作业之前，我需要注意哪些事项？我确实在您的网站上找到了文档，并计划完成它。安装MPICH（1.4）是否有任何系统要求？我们目前正在运行Centos 5.5 w/python 2.4.3，并且已经安装了OpenMPI 1.4.3。您的系统对于安装MPICH2来说听起来不错。如果您没有fortran编译器，则可能需要传递“-disable-f77--disable-fc”进行配置。更好的是，如果Centos 5.5有二进制软件包，可以尝试安装二进制软件包。