使用Biopython搜索词返回登录号

我正在尝试使用Biopython（Entrez）和搜索词，这些搜索词将返回登录号（而不是GI*）

下面是我代码的一个小摘录：

from Bio import Entrez

Entrez.email = 'myemailaddress'
search_phrase = 'Escherichia coli[organism]) AND (complete genome[keyword])'
handle = Entrez.esearch(db='nuccore', term=search_phrase, retmax=100, rettype='acc', retmode='text')
result = Entrez.read(handle)
handle.close()
gi_numbers = result['IdList']
print(gi_numbers)

‘745369752’、‘910228862’、‘187736741’、‘802098270’、‘802098269’， '802098267', '387610477', '544579032', '544574430', '215485161', '749295052', '387823261', '387605479', '641687520', '641682562', '594009615', '557270520', '313848522', '309700213', '284919779', '215263233', '544345556', '544340954', '144661', '51773702', ‘202957457’、‘202957451’、‘172051323’

我确信我可以从GI转换为accession，但最好避免额外的步骤。我错过了什么魔法

先谢谢你

*特别是由于NCBI正在逐步淘汰GI编号

在NCBI的网站上查看，只有两个可用的

rettype

uilist，这是您当前获得的默认XML格式（它由

Entrez.read（）

解析为dict）和

count

，它只显示了

计数

值（查看

结果的完整内容，它就在那里），我不清楚它的确切含义，因为它不代表
空闲列表
中的项目总数

无论如何，
Entrez.esearch（）
将接受您喜欢的
rettype
和
retmode
的任何值，但它只返回
xml
或
json
模式中的
uilist
或
count
值-没有登录ID，什么都没有

将返回给您，具体取决于您查询的数据库。当然，缺点是您需要通过一个或多个ID进行查询，而不是通过搜索字符串进行查询，因此为了获得登录ID，您需要运行两个查询：

search_phrase = "Escherichia coli[organism]) AND (complete genome[keyword])"
handle = Entrez.esearch(db="nuccore", term=search_phrase, retmax=100)
result = Entrez.read(handle)
handle.close()
fetch_handle = Entrez.efetch(db="nuccore", id=results["IdList"], rettype="acc", retmode="text")
acc_ids = [id.strip() for id in fetch_handle]
fetch_handle.close()
print(acc_ids)

给予

7.1，“NZU HG941720.1”、“NZU HG941720.1”、“NZU HG941720.1”、“NZU HG941719.1”、“NZU HG941719.1”、“NZU HG941719.1”、“HF57577.2”、“HF57577.2”、“NZU HF57577.1”、“NZU HF57577.1”、“NUUUUUUUUUU0.1.1”、“NZZGGG947.1.1.1”、“NZZGGG94177.1.1”、“，”，”，”，”，”NZZUGGGGG941717.1.1.1.1.1”、“NZG941717.1.1.1、7.2.2.1”、“7.2.2.2.2.2.2，”，”，”，”，”，”，”，”，”，”，”，”，”，”，”，”7.2.2.2.2.2，”，”，”1'，M37402.1'，AJ304858.2'，FM206294.1'，FM206293.1'，AM886293.1']

所以，我不确定我是否满意地回答了你的问题，但不幸的是，我认为答案是“没有魔法”
我想一定有一个参数我遗漏了，但你的方法肯定是可以接受的。它工作得很好——非常感谢。@cer很高兴能提供帮助。我花了很多时间浏览文档和谷歌搜索，因为你可能会认为有一种方法可以通过
esearch
返回登录ID，但我认为找不到任何东西。我很高兴这对你有用。