Python 在seaborn条纹图中绘制带色调的宽矩阵

我正在尝试使用stripplot绘制数据集。这是标题，共有25列：

    Labels  Acidobacteria  Actinobacteria  Armatimonadetes  Bacteroidetes  
0       0              0             495              NaN          27859   
1       1              0            1256              NaN          46582
2       0              0            1081              NaN          23798   
3       1              0            2523              NaN          35088   
4       0              0            1383              NaN          19338  

我将此数据集存储在pandas数据框中，并可以使用以下方法绘制它：

   def plot():
    ax = sns.stripplot(data = df)
    ax.set(xlabel='Bacteria',ylabel='Abundance')
    plt.setp(ax.get_xticklabels(),rotation=45)
    plt.show()

生产

我想设置颜色以反映“标签”列。当我尝试时：

sns.stripplot(x=df.columns.values.tolist(),y=df,data=df,hue='Labels') 

我得到：

ValueError: cannot copy sequence with size 26 to array axis with dimension 830

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所以我想出来了。我必须通过堆叠和重新索引来重新排列数据：

cols = df.columns.values.tolist()[3:]
stacked = df[cols].stack().reset_index()
stacked.rename(columns={'level_0':'index','level_1':'Bacteria',0:'Abundance'},inplace=True)

哪些产出：

           index          Bacteria  Abundance
0          0     Acidobacteria   0.000000
1          0    Actinobacteria   0.005003
2          0   Armatimonadetes   0.000000
3          0     Bacteroidetes   0.281586

接下来，我必须创建一个新列，为每个数据点指定标签：

label_col = np.array([[label for _ in range(len(cols))] for label in df['Labels']])
label_col = label_col.flatten()

stacked['Labels'] = label_col

所以现在：

   index         Bacteria  Abundance  Labels
0      0    Acidobacteria   0.000000       0
1      0   Actinobacteria   0.005003       0
2      0  Armatimonadetes   0.000000       0
3      0    Bacteroidetes   0.281586       0
4      0       Chlamydiae   0.000000       0

然后绘制：

def plot():
    ax = sns.stripplot(x='Bacteria',y='Abundance',data=stacked,hue='Labels',jitter=True)
    ax.set(xlabel='Bacteria',ylabel='Abundance')
    plt.setp(ax.get_xticklabels(),rotation=45)
    plt.show()
plot()

生产

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谢谢你的帮助

我想扩展一下你的答案，实际上我会压缩它，因为这可以在一行中完成：

# To select specific columns:
cols = ["Acidobacteria", "Actinobacteria", "Armatimonadetes", "Bacteroidetes"]
df.set_index("Labels")[cols]\
    .stack()\
    .reset_index()\
    .rename(columns={'level_1':'Bacteria', 0:'Abundance'})

# If you want to stack all columns but "Labels", this is enough:
df.set_index("Labels")\
    .stack()\
    .reset_index()\
    .rename(columns={'level_1':'Bacteria', 0:'Abundance'})

避免重新创建标签列的技巧是在堆叠之前将其设置为索引

输出：

    Labels        Bacteria  Abundance
0        0   Acidobacteria        0.0
1        0  Actinobacteria      495.0
2        0   Bacteroidetes    27859.0
3        1   Acidobacteria        0.0
4        1  Actinobacteria     1256.0
5        1   Bacteroidetes    46582.0
6        0   Acidobacteria        0.0
7        0  Actinobacteria     1081.0
8        0   Bacteroidetes    23798.0
9        1   Acidobacteria        0.0
10       1  Actinobacteria     2523.0
11       1   Bacteroidetes    35088.0
12       0   Acidobacteria        0.0
13       0  Actinobacteria     1383.0
14       0   Bacteroidetes    19338.0

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回答得好！但要得到一个混合了色调颜色的宽格式矩阵需要做很多工作……我希望Seaborn能对宽格式图形有更多的支持。