Python:4表示循环，比较列表项

我有一个相当可怕的算法来比较原子之间的距离，但它的工作原理与我希望的不同。代码如下：

for k in ResListA:
  for n in ResListB:
    for m in ResListA[counter3].atoms:
        for z in ResListB[counter4].atoms:
            coordDist = distance.distance(ResListA[counter3].atoms[counter4],ResListB[counter2].atoms[counter1])
            counter1 = counter1 + 1
        counter1 = 0         
        counter4 = counter4 + 1 
    counter4 = 0
    counter2 = counter2 + 1
  counter2 = 0
  counter3 = counter3 + 1

基本上我想要的是两人之间的最小距离

ResListA[0]。原子[0，…，n]

ResListB[0，…，k]。原子[0，…，m]

待计算。然而，它计算

ResListA[0]。原子[0]

到

ResListB[0，…，k]。原子[0，…，m]

例如：

ResListA[N，p，C，N，C]ResListB[C，C][p，p]

应该是

地区（N，C）地区（N，C）地区（p，C）地区（p，C）

不是

地区（N，C）地区（N，C）地区（N，p）地区（N，p）

---

提前谢谢。

我认为您的代码可以写得更像这样

for k in ResListA:
    for n in ResListB:
        for m in k.atoms:
            for z in n.atoms:
                coordDist = distance.distance(m.atoms, z.atoms)

---

不知道距离是什么。距离是什么。您不应该使用

coordDist

做一些涉及

min（）

？

的事情吗？虽然gnibbler可能是正确的，这是您应该做的事情，但这就是您当前的代码简化为：

for k in ResListA:
    for n in ResListB:
        for counter4, m in enumerate(k.atoms):
            for counter1, z in enumerate(ResListB[counter4].atoms):
                coordDist = distance.distance(m, n.atoms[counter1])

您的问题是您需要：

for z in ResListB[counter2].atoms:

而不是

for z in ResListB[counter4].atoms:

---

这很吓人，缩进似乎不太正确。在分配任何内容之前，您似乎正在使用

counter1

。如果您可以接受Numpy/Scipy依赖项，这看起来确实是一项工作，因为您正在进行成对距离。我很乐意使用lib和插件以及一些有用的东西，但是我有一个任务，我自己做。我想你指的是

距离。距离（m，z）

。距离是一个模块，我用它来计算简单的三维距离。总的来说，我试图得到一个含有原子的氨基酸之间最小距离的矩阵，我想计算其中的距离。@gnibbler，测试了你的代码，它给出了相同的结果，它仍然通过了所有

ResListB

和

ResListA