Python 如何从fasta文件中删除第一行?
fasta文件的结构如下所示:Python 如何从fasta文件中删除第一行?,python,string,python-2.7,fasta,Python,String,Python 2.7,Fasta,fasta文件的结构如下所示: >gi|568815364|ref|NT_077402.3| Homo sapiens chromosome 1 genomic scaffold, GRCh38 Primary Assembly HSCHR1_CTG1 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCAACCCTAACCC
>gi|568815364|ref|NT_077402.3| Homo sapiens chromosome 1 genomic scaffold, GRCh38 Primary Assembly HSCHR1_CTG1
TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC
CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAA
CCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCT
AACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAAACCCTAAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA
ACCCTAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACC
第一行是关于文件内容的一些信息,其余的行是DNA、RNA或氨基酸链。
要处理此类文件,我需要删除文件的第一行。如何使用python实现这一点?
我尝试了此代码,但不适用:
My_string=open("SimpleFastaFile.fa", "r").read()
def line_remove(str):
if str.isalnum()==False:
str=str[1:]
line_remove(str)
line_remove(My_string)
如果您需要整个文件的内容,为什么不一次读取所有行并立即切掉第一行
with open('path','r') as f:
content = f.readlines()[1:]
output="".join(content)
您可以使用
next
指向下一行的高级指针:
my_string = open("SimpleFsastaFile.fa", "r")
next(my_string) # advanced file pointer to next line
my_string.read()
你用的是biopython。否则就是家庭作业。它将文件转换为行列表,我希望它作为字符串最终查看我的编辑@StackUnderFlowIts working。谢谢,只需使用
next(f)
删除第一行即可。我很想知道,当答案明确正确且有效时,为什么我会投反对票(并将获取文件内容减去第一行的值作为字符串相加)。因此,答案与相关问题的答案并不完全相同。为什么要投反对票???给我理由我没有否决你,但下次你可能想检查你的变量名。