Python 使用set()和FastqGeneralIterator()从fastq文件中提取序列子集
我有两个fastq文件,我只需要共享的fastq记录。但是,当我编写两个仅包含匹配记录的不同文件时,脚本失败。我正在使用设置为以优化内存使用。有人能帮我解决这个问题吗?代码如下:Python 使用set()和FastqGeneralIterator()从fastq文件中提取序列子集,python,parsing,for-loop,conditional,biopython,Python,Parsing,For Loop,Conditional,Biopython,我有两个fastq文件,我只需要共享的fastq记录。但是,当我编写两个仅包含匹配记录的不同文件时,脚本失败。我正在使用设置为以优化内存使用。有人能帮我解决这个问题吗?代码如下: from Bio.SeqIO.QualityIO import FastqGeneralIterator infileR1= open('R1.fastq', 'r') infileR2= open('R2.fastq', 'r') output1= open('matchedR1.fastq', 'w') outp
from Bio.SeqIO.QualityIO import FastqGeneralIterator
infileR1= open('R1.fastq', 'r')
infileR2= open('R2.fastq', 'r')
output1= open('matchedR1.fastq', 'w')
output2= open('matchedR2.fastq', 'w')
all_names1 = set()
for line in infileR1 :
if line[0:11] == '@GWZHISEQ01':
read_name = line.split()[0]
all_names1.add(read_name)
all_names2 = set()
for line in infileR2 :
if line[0:11] == '@GWZHISEQ01':
read_name = line.split()[0]
all_names2.add(read_name)
shared_names = set()
for item in all_names1:
if item in all_names2:
shared_names.add(item)
#printing out the files:
for title, seq, qual in FastqGeneralIterator(infileR1):
if title in new:
output1.write("%s\n%s\n+\n%s\n" % (title, seq, qual))
for title, seq, qual in FastqGeneralIterator(infileR2):
if title in shared_names:
output2.write("%s\n%s\n+\n%s\n" % (title, seq, qual))
infileR1.close()
infileR2.close()
output1.close()
output2.close()
在不知道确切错误的情况下,您应该添加对它的描述,而不是说它失败了,我猜您正在使用一个已耗尽的处理程序 使用infier1=open'R1.fastq','r'打开处理程序 然后,使用infier1:中的for行读取文件以获取标题。 最后,将同一个处理程序传递给FastQGeneraliator,但指针位于文件的末尾,因此迭代器已经位于文件的末尾,并且不会产生任何结果。 您应该在最后一次循环之前使用infier1.seek0倒带文件,或者按照传递文件名的文档中的建议,更改代码以使用SeqIO包装器:
infileR1.close()
for record in SeqIO.parse("R1.fastq", "fastq"):
# Do business here