Python 嵌套用于终端中的循环

我有一个包含31个不同文件的目录，每个文件代表一种单元格类型（下面显示了其中的一个示例）

我有一个脚本，为每个单元格类型的文件生成22个新文件（因此31*22=682个文件）

这适用于每个文件，但我不想在每次脚本完成时更改命令中的名称。相反，我希望对目录中的每个文件运行此命令

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有办法做到这一点吗？

这里有一个可能的解决方案，使用嵌套for循环：

# Iterate over all GeneSet files
for f in *.GeneSet; do
    # Figure out the cell type by removing "Genes.GeneSet" from the end of the filename
    cell_type=${f%Genes.GeneSet}
    # Process the file
    echo "Processing file: $f with cell type $cell_type"
    for i in {1..22}; do
        python make_annot.py --gene-set-file "$f"  --bimfile ../../1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.${i}.bim --annot-file ${cell_type}.${i}.annot.gz
    done
done 

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下面是一个使用嵌套for循环的可能解决方案：

# Iterate over all GeneSet files
for f in *.GeneSet; do
    # Figure out the cell type by removing "Genes.GeneSet" from the end of the filename
    cell_type=${f%Genes.GeneSet}
    # Process the file
    echo "Processing file: $f with cell type $cell_type"
    for i in {1..22}; do
        python make_annot.py --gene-set-file "$f"  --bimfile ../../1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.${i}.bim --annot-file ${cell_type}.${i}.annot.gz
    done
done 

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您可以对循环使用以下嵌套的

：

for f in *Genes.GeneSet 
do 
    for i in `seq 1 22`
    do 
        python make_annot.py --gene-set-file "${f}"  --bimfile ../../1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.${i}.bim --annot-file `echo "${f}" | grep -oP '^.*(?=Genes.Geneset$)'`.${i}.annot.gz; 
    done
done

这将在所有
CELL\u-TYPEGenes.GeneSet
和
CELL\u-TYPE.${i}.annot.gz
上循环，以生成
31*22=682个文件的组合

其中
echo“${f}”|grep-oP'^.*（=Genes.Geneset$）”
用于获取文件名的单元格类型部分
您可以使用以下嵌套的
进行
循环：

for f in *Genes.GeneSet 
do 
    for i in `seq 1 22`
    do 
        python make_annot.py --gene-set-file "${f}"  --bimfile ../../1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.${i}.bim --annot-file `echo "${f}" | grep -oP '^.*(?=Genes.Geneset$)'`.${i}.annot.gz; 
    done
done

这将在所有
CELL\u-TYPEGenes.GeneSet
和
CELL\u-TYPE.${i}.annot.gz
上循环，以生成
31*22=682个文件的组合

其中
echo“${f}”| grep-oP'^.*（=Genes.Geneset$）”
用于获取文件名的单元格类型部分
每个输入的预期输出是什么？一组22个名为CELL_-TYPE.chr#.annot.gz的文件，其中单元格类型用于目录中的每个单元格，chr#是一个从1到22的数字。
make_annot.py
是否有类似于帮助标志（
-h/--help
）的东西？如果是这样的话，您最好在这里发布帮助页面。每个输入的预期输出是什么？一组名为CELL_TYPE.chr#.annot.gz的22个文件，其中CELL_TYPE代表目录中的每个单元格，chr#是1-22之间的数字。
make_annot.py
是否有类似于帮助标志（
-h/-help
）的内容？如果有，请将帮助页张贴在此处。@erip:Edited，因为它实际上完全没有必要；-）谢谢你的反馈@erip：已编辑，因为它实际上完全没有必要；-）谢谢你的反馈！这很有效。感谢您的明确回答，现在我知道如何在bash中编写嵌套循环了！内部for循环可以更有效地编写为
for（（i=1；我使用该方法的速度比你快得多（或者你有没有更快的源代码）？这似乎是合理的（因为它不需要外部命令），但在我使用seq（
time for i in
seq 1 100000
；do:；done
）大约和使用大括号扩展（
time for i in{1..100000}；do:；done
）一样快，而使用循环检查（
time for）（（i=1；i）效果很好。感谢您的明确回答，现在我知道如何在bash中编写嵌套循环了！内部for循环可以像
for>那样更有效地编写(（i=1；我使用该方法的速度比你快得多（或者你有更快的消息来源吗）？这似乎是合理的（因为它不需要外部命令），但在我的测试中，使用seq（
time for i in
seq 1 100000
；do:；done
）大约和使用大括号扩展（
time for i in）一样快{1..100000}；do:；done
），而使用循环检查（
时间（（i=1；i