用于帮助从单独文件中绘制序列的python脚本

我正在尝试运行一个python脚本，从一个单独的文件（merged.fas）中绘制序列，该文件与另一个程序输出的列表（gene_fams_eggnog.txt）相关

代码如下：

from Bio import SeqIO
import os, sys, re
sequences = "merged.fas"
all_seqs = SeqIO.index(sequences, "fasta")
gene_fams = {}

gene_fams_file = open("gene_fams_eggnog.txt")
for line in gene_fams_file:
   fields = re.split("\t", line.rstrip())
   gene_fams[fields[0]].append[fields[1]]

for fam in gene_fams.keys():
   output_filename = str(fam) + ".fasta"
   outh = open(output_filename, "w")
   for id in gene_fams[fam]:
     if id in all_seqs:
         outh.write(">" + all_seqs[id].description + "\n" + str(all_seqs[id].seq) + "\n")
     else:
        print "Uh oh! Sequence with ID " + str(id) + " is not in the all_seqs file!"
        quit()
     outh.close()

但是，我收到一条错误消息：

"File "make_fastafiles_from_gene_family_assignments.py", line 15, in <module>
    gene_fams[fields[0]].append(fields[1])
KeyError: '1'"

（两行之间没有空格，出于某种原因，本网站已将其格式化为这样） 字段0在一段时间后会更改，但这就是分组的本质所在

感谢您的帮助，

---

JT

您需要先初始化

基因家族[fields[0]]=[]

，然后将其追加到此列表

基因家族[fields[0]]。追加（fields[1]）

追加

应使用不同的括号，如：

追加（fields[1]）

。如果不起作用，请尝试使用集合导入defaultdict中的

，并将
基因fams={}
更改为
基因fams=defaultdict（列表）
拆分空行会导致
[']
（或者
['\n']
，如果它们仍然包含换行符）。
1   Saccharomycescerevisiae_DAA09367.1

1   bieneu_EED42827.1

1   Asp_XP_749186.1 

1   Mag_XP_003717339.1 

1   Mag_XP_003716586.1 

1   Mag_XP_003709453.1 

1   Asp_XP_749329.1