ANARCI Python 2.7.13-引发子项异常//操作错误：[Errno 2]

我试图验证——一种抗体编号工具——是否有效。它需要python2.6+（运行2.7.13）、HMMER3和Biopython（除此之外还有Numpy）。我已经成功地设置了这些脚本，当我运行ANARCI的一个示例脚本时，我得到了上面描述的错误。下面是Python shell的完整消息：

RESTART: /path/anarci_API_example.py 

Traceback (most recent call last):
    File "/Users/BioAtla-Intern/Downloads/anarci-1.1/Example_scripts_and_sequences/anarci_API_example.py", line 12, in <module>
        results = anarci(sequences, scheme="imgt", output=False)
    File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/anarci/anarci.py", line 554, in anarci
        alignments = run_hmmer( sequences, hmm_database=database, hmmerpath=hmmerpath, ncpu=ncpu, bit_score_threshold=bit_score_threshold )
    File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/anarci/anarci.py", line 382, in run_hmmer
        process = Popen( command, stdout=PIPE, stderr=PIPE  )
    File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/subprocess.py", line 390, in __init__
        errread, errwrite)
    File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/subprocess.py", line 1024, in _execute_child
        raise child_exception
OSError: [Errno 2] No such file or directory

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感谢您的帮助，因为ANARCI看起来相当模糊。

阅读了一些文档和错误日志，我发现，在安装了所有内容之后，最后一个参数是HMMER数据库的名称，在本例中，它有一个名为“ALL”的参数，因此如果您将名称从：

results = anarci(sequences, scheme="imgt", output=False)

致：

如果之后您仍然有问题，是因为您没有正确安装HMMER。我是这样安装的：

在终端中，键入以下命令：

wget http://eddylab.org/software/hmmer3/3.1b2/hmmer-3.1b2.tar.gz

tar -zxvf hmmer-3.1b2.tar.gz

cd hmmer-3.1b2

./configure && make && sudo make install

cd easel && make check && sudo make install

cd hmmer-3.1b2
./configure --prefix=$HOME/
make -j 4
make check
make install

就这样，对我来说，它起作用了

更新

如果您有权限问题，可以从以下位置下载源代码：，然后运行以下命令：

wget http://eddylab.org/software/hmmer3/3.1b2/hmmer-3.1b2.tar.gz

tar -zxvf hmmer-3.1b2.tar.gz

cd hmmer-3.1b2

./configure && make && sudo make install

cd easel && make check && sudo make install

cd hmmer-3.1b2
./configure --prefix=$HOME/
make -j 4
make check
make install

脚本的输出为我返回了以下列表：

[((1, ' '), 'E'), ((2, ' '), 'V'), ((3, ' '), 'Q'), ((4, ' '), 'L'),
((5, ' '), 'Q'), ((6, ' '), 'Q'), ((7, ' '), 'S'), ((8, ' '), 'G'),
((9, ' '), 'A'), ((10, ' '), 'E'), ((11, ' '), 'V'), ((12, ' '), 'V'),
((13, ' '), 'R'), ((14, ' '), 'S'), ((15, ' '), 'G'), ((16, ' '), 'A'),
((17, ' '), 'S'), ((18, ' '), 'V'), ((19, ' '), 'K'), ((20, ' '), 'L'),
((21, ' '), 'S'), ((22, ' '), 'C'), ((23, ' '), 'T'), ((24, ' '), 'A'),
((25, ' '), 'S'), ((26, ' '), 'G'), ((27, ' '), 'F'), ((28, ' '), 'N'),
((29, ' '), 'I'), ((30, ' '), 'K'), ((31, ' '), 'D'), ((32, ' '), 'Y'),
((33, ' '), 'Y'), ((34, ' '), 'I'), ((35, ' '), 'H'), ((36, ' '), 'W'),
((37, ' '), 'V'), ((38, ' '), 'K'), ((39, ' '), 'Q'), ((40, ' '), 'R'),
((41, ' '), 'P'), ((42, ' '), 'E'), ((43, ' '), 'K'), ((44, ' '), 'G'),
((45, ' '), 'L'), ((46, ' '), 'E'), ((47, ' '), 'W'), ((48, ' '), 'I'),
((49, ' '), 'G'), ((50, ' '), 'W'), ((51, ' '), 'I'), ((52, ' '), 'D'),
((52, 'A'), 'P'), ((53, ' '), 'E'), ((54, ' '), 'I'), ((55, ' '), 'G'),
((56, ' '), 'D'), ((57, ' '), 'T'), ((58, ' '), 'E'), ((59, ' '), 'Y'),
((60, ' '), 'V'), ((61, ' '), 'P'), ((62, ' '), 'K'), ((63, ' '), 'F'),
((64, ' '), 'Q'), ((65, ' '), 'G'), ((66, ' '), 'K'), ((67, ' '), 'A'), 
((68, ' '), 'T'), ((69, ' '), 'M'), ((70, ' '), 'T'), ((71, ' '), 'A'), 
((72, ' '), 'D'), ((73, ' '), 'T'), ((74, ' '), 'S'), ((75, ' '), 'S'), 
((76, ' '), 'N'), ((77, ' '), 'T'), ((78, ' '), 'A'), ((79, ' '), 'Y'), 
((80, ' '), 'L'), ((81, ' '), 'Q'), ((82, ' '), 'L'), ((82, 'A'), 'S'), 
((82, 'B'), 'S'), ((82, 'C'), 'L'), ((83, ' '), 'T'), ((84, ' '), 'S'), 
((85, ' '), 'E'), ((86, ' '), 'D'), ((87, ' '), 'T'), ((88, ' '), 'A'), 
((89, ' '), 'V'), ((90, ' '), 'Y'), ((91, ' '), 'Y'), ((92, ' '), 'C'), 
((93, ' '), 'N'), ((94, ' '), 'A'), ((95, ' '), 'G'), ((96, ' '), 'H'), 
((97, ' '), 'D'), ((98, ' '), 'Y'), ((99, ' '), 'D'), ((100, ' '), 'R'), 
((100, 'A'), 'G'), ((100, 'B'), 'R'), ((100, 'C'), 'F'), ((101, ' '), 'P'), 
((102, ' '), 'Y'), ((103, ' '), 'W'), ((104, ' '), 'G'), ((105, ' '), 'Q'), 
((106, ' '), 'G'), ((107, ' '), 'T'), ((108, ' '), 'L'), ((109, ' '), 'V'), 
((110, ' '), 'T'), ((111, ' '), 'V'), ((112, ' '), 'S'), ((113, ' '), 'A')]

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你是如何运行你的脚本的？在哪个操作系统中？窗户？Linux？OS X 10.11.6，ANARCI不应该在Windows上运行。我使用Python shell运行它。我尝试了一点阅读readme.txt，我认为您应该在这一行中尝试“IMGT”而不是“IMGT”：anarci（sequences，scheme=“IMGT”，output=False）谢谢您的帮助。我对

results

行进行了更改，现在运行代码时什么也没发生。在终端命令中，您使用的是

sudo

——有没有办法解决这个问题？我正在使用的计算机不是我的，没有人知道谁设置了密码或密码是什么（管理员密码都不起作用）。@MTJ这真奇怪，因为我没有使用sudo:/，只是为了安装python包，啊。。而且HMMER在某个时候也会问我sudo密码。。。嗯。。我认为这是我不知道如何解决的另一个问题：（，但主要的和更糟糕的问题已经成功地解决了：）。您可以查看此处以获得更多帮助，但我认为您在某些方面需要密码：（您在终端命令中使用了两次

sudo

（

…&&sudo make install

）.HMMER不都是吗？@MTJ是的，我想是的，另一种选择是从这里下载二进制文件，解压缩并打开名为INSTALL的文件，然后按照instructions@MTJ您是否尝试从终端运行，而不是使用python脚本，您在链接中提供的网站中给出的示例？如果这些示例返回给您，请告诉我应该是什么