R循环打开文件

我试图运行一个简单的5行命令，但超过9000个不同的文件。我为循环编写了以下代码

setwd("/Users/morandin/Desktop/Test")
output_file<- ("output_file.txt")
files <- list.files("/Users/morandin/Desktop/Test")
for(i in files) {
  chem.w.in <- scan(i, sep=",")
  pruned.tree<-drop.tip(mytree,which(chem.w.in %in% NA))  
  plot(pruned.tree)
  pruned.tree.ja.chem.w.in <- phylo4d(pruned.tree, c(na.omit(chem.w.in)))
  plot(pruned.tree.ja.chem.w.in) 
  out <- abouheif.moran(pruned.tree.ja.chem.w.in)
  print(out)
}

是否有打印Pvalue结果和文件名（元素i）的方法

---

谢谢

我怀疑这里的问题在于默认情况下，

list.files（）

只返回文件名的列表，而不是文件的整个路径。将

full.names

设置为

TRUE

将解决此问题。请注意，您不必添加

txt

添加文件名，因为

list.files（）

已经返回到现有文件的完整路径。

我怀疑这里的问题是

list.files（）

默认情况下只返回文件名的列表，而不是文件的完整路径。将

full.names

设置为

TRUE

将解决此问题。请注意，您不必添加

txt

添加文件名，因为

list.files（）

已经返回到现有文件的完整路径。

既然回答了#1，这里是对#2的回答，假设“answers”是指“abouheif.moran（pruned.tree.ja.chem.w.in）”的打印输出

将

cat（）

与参数

append=true

一起使用。例如：

output_file = "my_output_file.txt"
for(i in files) {
    # do stuff
    # make plots
    out <- abouheif.moran(pruned.tree.ja.chem.w.in)
    out <- sprintf("-------\n  %s:\n-------\n%s\n\n", i, out)
    cat(out, file = output_file, append = TRUE)
}

显然，格式完全取决于您；我只是想展示一下这里可以做些什么

另一种解决方案是

sink（）。中间道路可能只是一小段代码，但除非在极端情况下，这是一个偏好或风格的问题。
既然回答了#1，这里是对#2的回答，假设“答案”是指“abouheif.moran（pruned.tree.ja.chem.w.in）的打印输出”

将

cat（）

与参数

append=true

一起使用。例如：

output_file = "my_output_file.txt"
for(i in files) {
    # do stuff
    # make plots
    out <- abouheif.moran(pruned.tree.ja.chem.w.in)
    out <- sprintf("-------\n  %s:\n-------\n%s\n\n", i, out)
    cat(out, file = output_file, append = TRUE)
}

显然，格式完全取决于您；我只是想展示一下这里可以做些什么

---

另一种解决方案是

sink（）。中间路线可能是
sink（）
只是代码的一小部分，但除非在极端情况下，这是一个偏好或风格的问题。
文件名和文件扩展名之间不需要
？
文件
是什么样子的？尝试将其更改为
paste（i，“txt”，sep=“.”）
但当它们来自
list.files
时，它们可能已经有扩展名了。您可以在loop@koundy假设当前工作目录为
/Users/morandin/Desktop/Test
。默认情况下，
list.files（）
不会返回完整路径。@Paul您完全正确。我错过了那部分。文件名和文件扩展名之间不需要一个
？
文件
是什么样子的？尝试将其更改为
paste（i，“txt”，sep=“.”）
但当它们来自
list.files
时，它们可能已经有扩展名了。您可以在loop@koundy假设当前工作目录为
/Users/morandin/Desktop/Test
。默认情况下，
list.files（）
不会返回完整路径。@Paul您完全正确。我错过了那一部分。为了完整性：
（文件中的错误（文件，“rt”）：无法打开连接）
只是说“
文件
未找到”的丑陋方式。为了完整性：
（文件中的错误（文件，“rt”）：无法打开连接）
只是说“
文件
未找到”的丑陋方式。如果数据允许，我认为将循环结果放入
data.frame
中，并使用
write.table
保存循环结果是最好的方法。这使得以后读入R或任何其他工具都更加容易。非常感谢，我实际上已将sprintf函数转换为只获取Pvalue并以某种方式进行管理@用户3188922在这种情况下，我建议采用
write.table
方法进行移植。如果数据允许，我认为将循环结果放入
data.frame
中，并使用
write.table
保存是最好的方法。这使得以后读入R或任何其他工具都更加容易。非常感谢，我实际上已将sprintf函数转换为只获取Pvalue并以某种方式进行管理@user3188922在这种情况下，我建议采用
write.table
方法实现可移植性
-------
file_1:
-------
output_goes_here

-------
file_2:
-------
output_goes_here