Seurat，干扰ggplot2/plotly输出

我正在Rstudio中编写一个R脚本，查看单个单元格数据并生成各种图形。我使用的软件包是ggplot2。当未加载Seurat库时，它会生成如下良好的图形输出：

然后，当Seurat库被导入时，图形将恢复为这种丑陋： 以下是Seurat加入后带来的进口清单：

Imports: methods, ROCR, stringr, mixtools, lars, fastICA, tsne, Rtsne,
        fpc, ape, VGAM, pbapply, igraph, FNN, caret, plyr, dplyr,
        RColorBrewer, MASS, Matrix, irlba, reshape2, gridExtra, gplots,
        gdata, Rcpp, RcppEigen, RcppProgress, tclust, ranger

关于如何在不改变图形输出的情况下显示这两个库，您有什么想法吗

尝试过的解决方案：

• 尝试了“detach”（“package:Seurat”，unload=TRUE）//在关闭和重新加载RStudio时未还原绘图，并且不允许上游代码块提供ggplot2正常绘图

  ---

  一条评论要求我发布我的修复方案作为答案，所以我做了一些挖掘。当调用

  库（包）

  后发生意外行为时，这是因为该包有一个名为

  .onLoad

  或

  .onAttach

  的函数。它们在加载或附加包时自动运行，通常用于设置选项、打印有用的消息等。最佳做法是，您应该使用一个补充函数，

  .onUnload

  撤消任何操作。见：
  有时，包装确实需要副作用。这是最常见的，如果 您的包与外部系统通信-您可能需要执行一些操作 软件包加载时的初始设置。。。如果使用.onLoad（）， 考虑使用.ununLoad（）来清除任何副作用。通过 约定、.onLoad（）和好友通常保存在名为 zzz.R
  因此，我在Github repo中查找包

  Seurat

  ，没有看到任何与

  ggplot2

  相关的选项（）。接下来是检查包的

  说明

  ，它向我显示了

  Seurat

  使用的加载包。这是一个很长的列表，但我发现了一个有点常见的自定义图形包，

  cowplot

  。如果你接着去回购（）：

  ---

  .onAttach看起来Seurat必须更改默认的主题设置。试试你的绘图代码
  +theme_gray（）
  ，看看这是否会将其恢复到Seurat之前的设置。似乎有效，非常感谢@Brian@Brian请作为答案发布。@zx8754我做了，希望这是一个比我的简短评论更有趣的答案。
  .onAttach <- function(libname, pkgname) {
    # switch the default theme to theme_cowplot
    # ggplot2::theme_set(theme_cowplot())
    packageStartupMessage("\n********************************************************")
    packageStartupMessage("Note: As of version 1.0.0, cowplot does not change the")
    packageStartupMessage("  default ggplot2 theme anymore. To recover the previous")
    packageStartupMessage("  behavior, execute:\n  theme_set(theme_cowplot())")
    packageStartupMessage("********************************************************\n")
  }