如何让r运行bnlearn mc-x2测试?

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我试图在网络上执行两个版本的皮尔逊X2检验

以下是我正在运行的代码:

library(bnlearn)
library(Rgraphviz)
library(gRain)
library(graph)
library(grid)
library(snow)

dag也会暂停:
alarm.mc是的,不幸的是它会暂停。在Rstudio中运行
gs(alarm,test=“mc-x2”,B=1,debug=TRUE)
也会导致它在没有消息的情况下崩溃。然而,这类事情通常是内存问题,当我在终端中运行它时,R崩溃,错误为“xmalloc:虚拟内存不足”。当用
top
粗略地跟踪内存时,我可以看到内存正在缓慢上升。稍后我会在一台更大的电脑上试用,看看它是否能持续。。。。ps请注意,cran bnlearn版本中的排列测试是错误的;这些在快照(从)中是固定的,但是在像
报警那样大的数据集中,它们之间并没有什么区别。pps 10k置换是一个相当大的数字,即使你将其并行化,也需要花费很多时间(请参阅
cluster
参数。我将不得不研究如何改进我的设备。由于我涉及越来越复杂的问题,这个问题比通常情况下更频繁出现。感谢您的帮助此问题是否也会暂停:
alarm.mc是的,不幸的是。运行
gs(alarm,test=“mc-x2”,B=1,debug=TRUE)
在Rstudio中也会导致它在没有消息的情况下崩溃。然而,这类事情通常是内存问题,当我在终端中运行它时,R崩溃并出现错误“xmalloc:虚拟内存不足”。当使用
top
大致跟踪内存时,我可以看到内存正在缓慢上升。稍后我将在更大的PC上尝试,看看它是否持续存在…ps请注意,cran bnlearn版本中的排列测试是错误的;这些测试在快照中已修复(从)--但是像
报警
这样大的数据集实际上并没有什么区别。pps 10k排列是一个相当大的数字,即使您将其并行化,也需要很长时间(请参阅
群集
参数。我将不得不研究如何改进我的设备。由于我涉及越来越复杂的问题,这个问题比平时更常见。感谢您的帮助
dag <- empty.graph(names(alarm))
modelstring(dag) <- paste("[HIST|LVF][CVP|LVV][PCWP|LVV][HYP][LVV|HYP:LVF]",
                              "[LVF][STKV|HYP:LVF][ERLO][HRBP|ERLO:HR][HREK|ERCA:HR][ERCA][HRSA|ERCA:HR]",
                              "[ANES][APL][TPR|APL][ECO2|ACO2:VLNG][KINK][MINV|INT:VLNG][FIO2]",
                              "[PVS|FIO2:VALV][SAO2|PVS:SHNT][PAP|PMB][PMB][SHNT|INT:PMB][INT]",
                              "[PRSS|INT:KINK:VTUB][DISC][MVS][VMCH|MVS][VTUB|DISC:VMCH]",
                              "[VLNG|INT:KINK:VTUB][VALV|INT:VLNG][ACO2|VALV][CCHL|ACO2:ANES:SAO2:TPR]",
                              "[HR|CCHL][CO|HR:STKV][BP|CO:TPR]", sep = "")
alarm.gs <- gs(alarm, test = "x2")
alarm.mc <- gs(alarm, test = "mc-x2", B=10000)