R：在不同对象之间进行所有成对比较

我不确定从哪里开始，我可以使用一些指针。
我有几个对象是包含基因名称的不同长度的字符串。我想两两比较所有对象，并获得每对列表之间共享基因的数量（例如使用

intersect（）

）。我想将所有成对比较存储在矩阵中，以制作热图。
但我不确定如何最好地进行比较，以及如何存储结果。我应该首先将所有对象分组到一个数据帧中吗

我有24个对象称为

名称\u某物
：

> length(names_G63)
[1] 4518
> head(names_G63)
[1] "SARC_00002" "SARC_00004" "SARC_00005" "SARC_00012" "SARC_00022" "SARC_00025"
> length(names_C28)
[1] 9190
> head(names_C28)
[1] "SARC_00001" "SARC_00002" "SARC_00003" "SARC_00004" "SARC_00005" "SARC_00008"

通过比较可以得出一个数字，显示列表之间共享基因的数量：

> length(intersect(names_G63, names_C28))
[1] 4097

我想将这些数字存储为矩阵，如：

      G63 C28 B124
G63     0
C28  4097   0
B124 3000 345    0

我想你在找这样的东西。一个矩阵，告诉你有多少基因在EXPT/集合之间共享

#First a vector of all genes
genes <-unlist(lapply(1:1500, function(x) paste(sample(LETTERS, 5, replace = T), collapse="")))

#Now five pseudo experiments that each generated a set 100 random genes from the set above
geneList <- lapply(1:5, function(x) sample(genes, 100))

#Now we turn the list of genes into a table of expts x genes
genedf <- stack(setNames(geneList, nm=paste("Expt", seq_along(geneList))))

#Use the cross product to count the overlaps
table(genedf[2:1]) %*% t(table(genedf[2:1]))

#         ind
# ind      Expt 1 Expt 2 Expt 3 Expt 4 Expt 5
#   Expt 1    100      8      5      7      7
#   Expt 2      8    100      5      5     10
#   Expt 3      5      5    100      8      4
#   Expt 4      7      5      8    100      8
#   Expt 5      7     10      4      8    100

#首先是所有基因的载体
基因查看
cor（）
为了让我们能够回答您的问题，请通过为每个变量（或变量的代表子集）键入
dput（variableName）
并将控制台输出复制并粘贴到您的问题中，包括您的数据样本。还包括所提供数据的所需输出。有关如何在
R
中生成可复制示例的详细信息（并使您的问题更有可能得到回答），请查看。如果有两个向量包含字符串vec1和vec2，则
expand.grid（vec1，vec2）
将生成一个data.frame，其中所有成对组合均为行。例如
expand.grid（字母[1:4]，字母[1:5]）
。对不起，我尝试添加更多细节。或者没有堆叠
sapply（基因列表，函数（x）sapply（基因列表，函数（y）长度（相交（x，y）））
现在这太棒了！！谢谢@Emiliman5和@Chris S。。。。
geneList<-lapply(ls(pattern="names_"), get)
names(geneList) <- ls(pattern="names_")
genedf <- stack(setNames(geneList, nm=names(geneList)))
table(genedf[2:1]) %*% t(table(genedf[2:1]))