R:无法加载data.table，因为缺少符号\u omp\u set\u num\u线程

我有一个带有导入列表的R包，在加载最新版本时从来没有遇到过问题。我刚刚将

data.table

添加到列表中，现在无法加载包

操作系统：macOS Sierra 10.12.5/6

gcc：

Configured with: --prefix=/Library/Developer/CommandLineTools/usr --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.2.1
Apple LLVM version 9.0.0 (clang-900.0.37)
Target: x86_64-apple-darwin16.7.0
Thread model: posix

导入

aws.s3,
data.table,
googledrive,
httr,
jsonlite,
lubridate,
plyr
RMixpanel,
rmongodb,
RPresto,
stringi,
stringr,
uuid

openmp-utils.c:50:5: warning: implicit declaration of function 'omp_set_num_threads' is invalid in C99 [-Wimplicit-function-declaration]
omp_set_num_threads(1);
^
1 warning generated.

...

Error: package or namespace load failed for ‘data.table’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
unable to load shared object '/usr/local/lib/R/3.4/site-library/data.table/libs/datatable.so':
dlopen(/usr/local/lib/R/3.4/site-library/data.table/libs/datatable.so, 6): Symbol not found: _omp_set_num_threads

Referenced from: /usr/local/lib/R/3.4/site-library/data.table/libs/datatable.so

Expected in: flat namespace in /usr/local/lib/R/3.4/site-library/data.table/libs/datatable.so

Error: loading failed

错误

aws.s3,
data.table,
googledrive,
httr,
jsonlite,
lubridate,
plyr
RMixpanel,
rmongodb,
RPresto,
stringi,
stringr,
uuid

openmp-utils.c:50:5: warning: implicit declaration of function 'omp_set_num_threads' is invalid in C99 [-Wimplicit-function-declaration]
omp_set_num_threads(1);
^
1 warning generated.

...

Error: package or namespace load failed for ‘data.table’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
unable to load shared object '/usr/local/lib/R/3.4/site-library/data.table/libs/datatable.so':
dlopen(/usr/local/lib/R/3.4/site-library/data.table/libs/datatable.so, 6): Symbol not found: _omp_set_num_threads

Referenced from: /usr/local/lib/R/3.4/site-library/data.table/libs/datatable.so

Expected in: flat namespace in /usr/local/lib/R/3.4/site-library/data.table/libs/datatable.so

Error: loading failed

---

我还尝试将

plyr

移动到高于

data.table

，但得到了相同的错误。有什么想法吗？

我昨天也遇到了同样的问题，在谷歌搜索之后，我通过指定~./R/Makevars安装了

data.table

在我的例子中，我使用macports并安装了gcc7。gcc-mp-7和g++-mp-7引用了macports下的哪些

因此，要指定编译器在macOS上使用这些命令而不是默认命令，您需要创建一个文件~./R/Makevars。然后添加以下行：

CC=gcc-mp-7-fopenmp
CXX=g++-mp-7-fopenmp

---

您也应该能够对较新版本的

clang

执行相同操作，只需将

gcc-mp-7

更改为

clangomp

（或根据安装位置而定的等效版本）为了启用多线程，请不要忘记相同的

-fopenmp

标志。

我修复了错误，并将1.10.4-2推到了CRAN

• MacOS上的OpenMP现在由CRAN支持，并包含在CRAN针对Mac的二进制软件包中。但在编译时未启用OpenMP时，在MacOS上从源代码安装v1.10.4-1失败。感谢Liz Macfie和@Fupang的报道。OpenMP未启用时的启动消息已更新

---

我在发布程序中添加了一个额外的步骤，以防止将来发生这种情况。

您是否刚刚升级到昨天在CRAN上发布的1.10.4-1？在新的R会话中，

test.data.table（）

？怀疑这是安装/升级问题。当您使用

parallel

软件包fork时，会调用该行。您正在使用

并行
软件包吗？这是我在这个补丁中改变的东西，所以我很可能会责怪它。我们可以查看您的完整安装输出，看看它是否在安装时找到openMP。我现在知道了。是我的错。当OpenMP不可用时，我没有将呼叫包装在#ifdef中。很难测试像这样的东西，因为我们必须卸载OpenMP来测试它。我们需要查看安装的完整输出，以查看您正在使用的编译器和版本。这是哪个操作系统？基本上：你没有OpenMP，所以它不会工作，我犯了一个错误，不让它在没有OpenMP的情况下安装。我可以用另一个补丁修复，但它会为你安装单线程，所以你还是想要OpenMP。太棒了！谢谢你的发现。将在GitHub上跟踪更新何时可用。请问在过渡期间我可以使用什么以前的版本？或者遵循。