用R求几个fisher精确检验p值

我有5000多个数据集，我想找到p值，以便在R中使用fishers精确测试。它们保存在csv文件中，看起来像这样

100 5000 400 500
250 400  600 400


... ... ... ...

其中每行表示一个列联表。 现在，我必须一次做一个列联表，这将花费我一辈子的时间

到目前为止，我使用了这个代码

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alltables您可以执行以下操作。但由于您没有给出一个可复制的示例，我首先创建了一些玩具数据：

set.seed(1)
print(dat <- matrix(rbinom(n = 40, size = 1000, prob = 0.5), ncol = 4))
#      [,1] [,2] [,3] [,4]
# [1,]  500  526  494  505
# [2,]  497  500  512  493
# [3,]  480  488  500  512
# [4,]  464  513  498  497
# [5,]  527  503  518  508
# [6,]  504  517  511  483
# [7,]  519  493  522  471
# [8,]  486  490  497  507
# [9,]  492  499  475  509
#[10,]  530  486  488  501

# Function to be applied row-wise
rowFisher <- function(x, ...) {
  return(fisher.test(matrix(x, nrow = 2, ...))$p.value)
}

# Apply the function row-wise
apply(dat, 1, rowFisher)
# [1] 0.7557946 0.6548804 0.9641424 0.2603181 0.7912598 0.3729036 0.5916955 0.9283668 0.5585135
#[10] 0.2111895

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编辑我没有看到你的命令。但这应该能奏效。如果没有，您的数据中可能有一些NAs或其他非数字值。

您是否可以共享迄今为止为解决此问题而编写的代码以及遇到的问题？当然可以。我使用“alltablesGreat”读入数据-请编辑您的问题，将这些重要信息包括您运行的代码和错误。理想情况下，您还应包括一个小的可复制示例，以演示您的问题。请记住，其他人无法访问untilled1.csv。对于粗略的数据，我深表歉意，并感谢您的输入。我能够纠正我原始代码中的错误。我需要使用read.csv而不是read.table将数据读入R。