Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/4/r/83.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
R 在LSF中提交作业数组_R_Terminal_Jobs_Lsf - Fatal编程技术网
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R 在LSF中提交作业数组

r terminal

R 在LSF中提交作业数组,r,terminal,jobs,lsf,R,Terminal,Jobs,Lsf,我有12个文件夹，都包含一个同名的R文件（例如file.R）。文件夹的名称为m1，m2，…，m12。为了运行每个文件，我在每个文件夹中运行bsub-n2-qlong-w12:00-R“rusage[mem=25000]”-M 25000-hl R CMD BATCH file.R。是否有办法使用bsub在LSF提交系统中将其作为作业数组运行？多谢各位 有没有办法使用bsub在LSF提交系统中将其作为作业数组运行 有。使用-J“[1-12]”运行阵列作业。该作业将运行12个实例。您需要编写一个简单

我有12个文件夹，都包含一个同名的
R
文件（例如
file.R
）。文件夹的名称为
m1
，
m2
，…，
m12
。为了运行每个文件，我在每个文件夹中运行
bsub-n2-qlong-w12:00-R“rusage[mem=25000]”-M 25000-hl R CMD BATCH file.R
。是否有办法使用
bsub
在
LSF提交系统中将其作为
作业数组运行？多谢各位

有没有办法使用bsub在LSF提交系统中将其作为作业数组运行

有。使用
-J“[1-12]”
运行阵列作业。该作业将运行12个实例。您需要编写一个简单的脚本来正确设置CWD，然后启动
R
。这样的办法应该行得通。实例编号可通过环境变量
$LSB\u JOBINDEX
获得


$ cat runjob.sh 
#!/bin/sh

cd m${LSB_JOBINDEX}
exec R CMD BATCH file.R


然后像这样提交你的工作


$ bsub -n 2 -q long -W 12:00 -R "rusage[mem=25000]" -M 25000 -hl -J "[1-12]" sh runjob.sh 
Job <1164> is submitted to queue <long>.



$bsub-n2-q long-W 12:00-R“rusage[mem=25000]”-M 25000-hl-J“[1-12]”sh runjob.sh
作业已提交到队列。

如果每个文件夹中有两个文件，比如
file.R
和
poo.R
，我仍然可以通过添加另一行
exec R CMD BATCH poo.R
从相同的
runjob.sh
脚本运行它们吗？非常感谢。对但请删除
exec
。exec将用
R CMD BATCH file.R
替换当前进程映像。因此，第一个exec之后的任何命令都不会执行。通过删除exec，将创建一个新进程来运行
R CMD BATCH file.R
。在您的示例中，file.R和poo.R将按顺序运行。如何并行而不是按顺序运行？您可以在单独的作业数组中运行poo.R，也可以在同一作业数组中运行它。如果使用后者，则需要某种方法将数组索引映射到poo.R或file.R