R 如何将数据帧转换为列表并写入文件

我试图从bioconductor GO数据库中提取信息，但在导出可用于进一步处理和分析的数据时遇到问题

我有一个名为sig的24个Affyid的列表，并访问数据库：

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
biocLite("mouse4302.db")
library("mouse4302.db")
GO=as.list(mouse4302GO)

理想情况下，我希望将文件输出编写为：

x
1415670_at.GO:0016192.GOID  GO:0016192
1415670_at.GO:0016192.Evidence  IEA
1415670_at.GO:0016192.Ontology  BP

但是，我遇到了一些问题，这些问题超出了用它编写的前几个元素

write.table(unlist(GO[sig[1:13]]), file='b.txt',sep='\t',row.names=T,quote=F)

超出第13个元素将无法打印

x
1   GO:0001701
2   IMP
3   BP
4   GO:0006499
5   IMP
6   BP
....

这是从

write.table(unlist(GO[sig[1:14]]), file='b.txt',sep='\t',row.names=T,quote=F)

如果您有任何想法和帮助，我们将不胜感激

非常感谢

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Alex也可以问一些关于电脑上的Bioconductor软件包的问题。记住加载库

library(mouse4302.db)

并确保您的R不是太旧。我的R.version.string的结果是R版本3.0.2已修补2014-01-02 r64626

一种方法是在这些数据库上使用select接口

## discovery
keytypes(mouse4302.db)      ## how to query
columns(mouse4302.db)       ## what to retrieve

这里有一些身份证

eid <- head(keys(mouse4302.db, keytype="PROBEID"))

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下面是一个使用注释的示例。

感谢所有回复，但我使用以下代码进行了管理：

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
biocLite("mouse4302.db")
library("mouse4302.db")
x=mouse4302GO
write.table(links(x[sig]), file='b.txt',sep='\t',row.names=F,quote=F)

同样，sig是affyid的列表。 我的桌子结束了：

probe_id    go_id   Evidence
1415670_at  GO:0016192  IEA
1415670_at  GO:0006810  IEA
1415670_at  GO:0006886  IEA
1415670_at  GO:0015031  IEA
1415671_at  GO:0006810  IEA

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这是伟大的进一步分析

sig变量是什么？如果不将data.frame或矩阵传递给write.table，它会在写入之前尝试将输入强制为data.frame。查看as.data.frameunlistGO[sig[1:14]]。Hans:sig变量是AffyidRoland的列表：不幸的是，这对我不起作用。感谢链接Martin，不幸的是，在应用函数select I get Error:找不到函数select@alex-我添加了几个提示-确保您使用的是相对较新的R，你已经加载了库。

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
biocLite("mouse4302.db")
library("mouse4302.db")
x=mouse4302GO
write.table(links(x[sig]), file='b.txt',sep='\t',row.names=F,quote=F)

probe_id    go_id   Evidence
1415670_at  GO:0016192  IEA
1415670_at  GO:0006810  IEA
1415670_at  GO:0006886  IEA
1415670_at  GO:0015031  IEA
1415671_at  GO:0006810  IEA