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R 如何将样本保存在有效的集群中？

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R 如何将样本保存在有效的集群中？,r,hierarchical-clustering,R,Hierarchical Clustering,我的datExprSTLMS中有72个样本作为基因表达式数据集，并基于以下代码对此数据集进行了聚类： new_hclust = hclust(dist(datExprSTLMS), method = "average") Cutreecluster_Sample <- cutreeDynamic(dendro = new_hclust, minClusterSize = 5, method = "tree"

我的datExprSTLMS中有72个样本作为基因表达式数据集，并基于以下代码对此数据集进行了聚类：

new_hclust = hclust(dist(datExprSTLMS), method = "average")
Cutreecluster_Sample <- cutreeDynamic(dendro = new_hclust, minClusterSize = 5,
                                          method = "tree")
现在，cluster by 0中的sample是离群值，我想从我的数据集中删除它。 因此，我运行下面的代码来保留除集群0中的样本之外的所有样本

keepSamples = (Cutreecluster_Sample==!0)
但当我运行表查找纪念品样本时，我看到以下结果：

> table(keepSamples)
    keepSamples
    FALSE  TRUE 
     48    24
正如您在
keepSamples
中看到的，我只有24个样本，而不是71个样本。
如果有人在代码级别指导我解决问题，我将不胜感激。

将
keepSamples=（Cutreecluster\u Sample==！0）
更改为
keepSamples=（Cutreecluster\u Sample！=0）

为什么?？从右到左评估命令：
！0
是
0
的逻辑否定，相当于
！R中为FALSE
。因此
！0
等于
TRUE
。然后检查
Cutreecluster\u Sample
是否等于
TRUE
<代码>真强制为数字在R中是
1
。因此，您的检查实际上是
真
iff样本在簇1中，而不是簇0中

试试
！0==1
和
FALSE==0

谢谢亲爱的@Alanocalaghan。我还有更多的问题。假设我想选择集群1和2中的样本。那么我的“纪念品”代码是什么呢？如果答案对你有帮助，我会做
随时接受

> table(keepSamples)
    keepSamples
    FALSE  TRUE 
     48    24