如何在R中连接每个样本的两个DNAStringSet序列？

我有两个

大型DNAStringSet

对象，其中每个对象包含2805个条目，每个条目的长度为201。我想简单地将它们组合起来，这样就有2805个条目，因为每个条目都是这个大小，但我想有一个对象，两者的组合

我试着这么做

s12 <- c(unlist(s1), unlist(s2))

---

如果您的目标是返回一个列表，其中每个列表元素都是原始列表中相应列表元素的串联，并在长度为2805的列表中重新排序，其中每个列表元素的长度为402，则可以使用

映射
实现这一点。下面是一个示例，其中包含一对较小的列表

# set up the lists
set.seed(1234)
list.a <- list(a=1:5, b=letters[1:5], c=rnorm(5))
list.b <- list(a=6:10, b=letters[6:10], c=rnorm(5))

对于您描述的问题，您将使用

s12 <- Map(c, s1, s2)

s12如果您的目标是返回一个列表，其中每个列表元素都是原始列表中相应列表元素的串联，然后重新输入一个长度为2805的列表，其中每个列表元素的长度为402，那么您可以使用
Map
实现这一点。下面是一个示例，其中包含一对较小的列表

# set up the lists
set.seed(1234)
list.a <- list(a=1:5, b=letters[1:5], c=rnorm(5))
list.b <- list(a=6:10, b=letters[6:10], c=rnorm(5))

对于您描述的问题，您将使用

s12 <- Map(c, s1, s2)

s12您可以将每个
DNAStringSet
转换为字符。例如：

library(Biostrings)
set1 <- DNAStringSet(c("GCT", "GTA", "ACGT"))
set2 <- DNAStringSet(c("GTC", "ACGT", "GTA"))

as.character(set1)
as.character(set2)

您可以将每个
DNAStringSet
转换为字符。例如：

library(Biostrings)
set1 <- DNAStringSet(c("GCT", "GTA", "ACGT"))
set2 <- DNAStringSet(c("GTC", "ACGT", "GTA"))

as.character(set1)
as.character(set2)

这是否意味着您想要一个长度为2805的列表，每个列表的长度为402？您使用的是什么包？您的目标是一个具有2805行和2列的表。如果每个条目都是由201个核苷酸组成的DNA字符串？@Sergio.pv不完全一样，我的目标是
DNAStringSet
对象，该对象将有2805个条目，每个条目将是两个对象的两个序列的串联。例如，我有一个
s1
对象，它有2805个条目，每个条目有201个长度序列，而
s2
对象类似。我想让
s12
有2805个条目，每个序列的长度为402，在
s1
序列的末尾，我们连接
s2
序列。第一个序列有第一个，第二个序列有第二个，依此类推。这个问题和提供的答案忽略了序列名，这可能会产生嵌合体。我问了一个新问题并提供了一个答案来解决这个问题。这是否意味着您想要一个长度为2805的列表，每个列表的长度为402？您使用的是什么软件包？您的目标是一个具有2805行和2列的表。如果每个条目都是由201个核苷酸组成的DNA字符串？@Sergio.pv不完全一样，我的目标是
DNAStringSet
对象，该对象将有2805个条目，每个条目将是两个对象的两个序列的串联。例如，我有一个
s1
对象，它有2805个条目，每个条目有201个长度序列，而
s2
对象类似。我想让
s12
有2805个条目，每个序列的长度为402，在
s1
序列的末尾，我们连接
s2
序列。第一个序列有第一个，第二个序列有第二个，依此类推。这个问题和提供的答案忽略了序列名，这可能会产生嵌合体。我问了一个新问题，并提供了一个答案来解决这个问题。是的，我只想这样，但你的方法对我不起作用。我试过这个，
s12但是什么是串联函数？我只想纯粹地连接它们，我的意思是连接到
s1
中第一个序列的末尾，我想连接
s2
中的第一个序列，第二个序列与第二个序列，第三个序列与第三个序列，依此类推。如果我做
s12是的，我只想这样，但你的方法对我不起作用。我试过这个，
s12但是什么是串联函数？我只想纯粹地连接它们，我的意思是连接到
s1
中第一个序列的末尾，我想连接
s2
中的第一个序列，第二个序列与第二个序列，第三个序列与第三个序列，依此类推。如果我连接
s12，我只需要连接序列，并继续使用
DNAStringSet
，也许如果你能展示如何连接它们并形成一个
DNAStringSet
这将是一个好答案。我只需要连接序列，并继续使用
DNAStringSet
，也许如果你能展示如何连接它们并形成一个
DNAStringSet
这将是一个好答案。