如何使用在别处创建的预聚集数据在R中创建树状图？

我用Java编写了集群代码，从中我可以创建一个嵌套的树结构，例如，下面显示了树的一小段，其中两个“isRetired”对象在第一次迭代中集群，而该组在第五次迭代中使用“setIsRequired”集群。群集中对象之间的距离显示在括号中

  |+5 (dist. = 0.0438171125324851)
    |+1 (dist. = 2.220446049250313E-16)
      |-isRetired
      |-isRetired
    |-setIsRetired

我更愿意用更传统的树状图风格来展示我的结果，看起来R有一些很好的功能，但是因为我对R知之甚少，我不清楚如何利用它们

我是否可以从Java将树结构写入文件，然后用几行R代码生成树状图？在R计划中，我想做如下工作：

从文件读入数据结构（“hclust”对象？）

将数据结构转换为树状图（使用“as树状图”）

使用“绘图”显示树状图

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我想问题归结为R是否提供了一种从文件读取并将字符串输入转换为（hclust）对象的简单方法。如果是这样的话，输入文件中的数据应该是什么样子？

我想您要查找的是。您可以用Newick表示法在文件中打印您的树，将其解析出来并构造一个phylog对象，您可以轻松地将其可视化。网页的结尾给出了一个如何实现这一点的示例。你也可能需要考虑。尽管您不希望这些软件包提供完整的功能，但您可以借助它们用来表示树的构造及其绘图功能

编辑：在提供一个更简单的解决方案之前，似乎已经问了一个与您类似的问题。因此，基本上，您只需要在这里编写Newick解析器，或者您希望从Java输出的任何其他表示形式的解析器。

（系统发育和进化分析）包包含树状图绘制功能，并且它能够在Java中读取树。因为它是一个可选的包，所以您需要使用它。理论上易于使用，例如，以下命令生成树状图：

> library("ape")
> gcPhylo <- read.tree(file = "gc.tree")
> plot(gcPhylo, show.node.label = TRUE)

>库（“ape”）
>gcPhylo图（gcPhylo，show.node.label=TRUE）

到目前为止，我的主要抱怨是，当包含Newick格式的树信息的文件的语法出现问题时，几乎没有诊断信息。我用其他工具成功地读取了这些相同的文件（在某些情况下，可能是因为这些工具原谅了语法中的某些错误）

您还可以使用phylog软件包生成树状图，如下所示

> library(ade4)
> newickString <- system("cat gc.tree", intern = TRUE)
> gcPhylog <- newick2phylog(newickString)
> plot(gcPhylog, clabel.nodes=1)

>库（ade4）
>新ICKString gcPhylog图（gcPhylog，clabel.nodes=1）

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两者都可以使用Newick格式的树，并且都有许多打印选项。

+1用于指向其他工具和Newick表示法的指针。我希望比在R中编写解析器花费更少的精力。我希望得到hc2Newick（）的补充函数。同时，Dendroscope（）看起来像是一个很有前途的工具，可以用Newick格式绘制给定文件的树状图。仔细观察，我发现phylog和phylobase似乎都使用了ape包，因此它似乎是迄今为止最“最小”的包（尽管它不仅仅是绘制树状图）。