在用户安装了R包的Ubuntu/Debian上进行R升级时会发生什么

在Ubuntu/Debian上进行R升级时，用户安装的R包会发生什么情况

在授予用户对文件夹的写入权限后，这些包将安装在/usr/lib/R/和/usr/local/lib/R下的库中

我使用cran镜像进行升级，我不确定用户安装的软件包是否已转移到新版本的R，或者我是否必须重新安装它们

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致以最良好的祝愿

默认情况下，

/usr/lib/R/library

和

/usr/lib/R/site library

不应是用户可写的。这些是软件包管理系统拥有的目录，您可以像往常一样在那里获得更新的软件包

通过我们的设置，

/usr/local/lib/R/site library

可以由普通组（如

员工

）中的用户编写。这是在

r-base-core

包的相应

postinst

脚本中设置的：

chown root:staff /usr/local/lib/R/site-library
chmod 2775 /usr/local/lib/R/site-library

我们的想法是，多个用户可以处理这些软件包，他们通常只在更新后工作——我们中的许多人已经成功地使用这个方案多年了

现在，R3.4.0有一个小问题，它在新闻文件中声明

• 需要为此版本重新安装为.C或.Fortran注册本机例程的包（除非与R-devel SVN一起安装） 修订版r72375或更高版本）

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这是一次性的，特别是R3.4.0。事实上，我已经在

/usr/local/lib/R/site library

目录树中重新安装了其中一些软件包。

嗨，德克！谢谢你的回答！真的很有帮助。在R升级之后，我运行update.packages（checkbuild=TRUE）。如果较新的R-version与旧的软件包有问题，也许这也足够了？我的一个开放点是：您说

/usr/lib/R/library

和

/usr/lib/R/site library

不应该是用户可写的，并且属于软件包管理层。但是当我运行

update.packages（）

并尝试更新由linux软件包管理安装的软件包时会发生什么？然后它需要对文件夹的写入权限，否则它将安装在

~/

中，这将导致不同R版本的不同文件夹。还是我错了？啊，说得好。你必须在那里说“不”。R“不知道”这些软件包来自

apt

/

dpkg

。一种方法是告诉

upgrade.packages（）

只查看

/usr/local/lib/R

路径——这就是my所做的。