R 手动颜色和条件填充，而不覆盖几何点中的位置减淡？

我试图创建一个带有连接点的散点图。由于我有几个重叠的数据点，我使用

position=position\u dodge

将它们直观地分开。 同时，我用预设的颜色向量给点和线上色。我还尝试用黑色填充一些点，使用基于因子的条件。 我的问题是，当我尝试添加填充条件时，圆点的回避会变得混乱，如下所示：

以下是如何绘制这些图：

# Creating an example dataframe
id<- as.factor(rep(seq(from=1, to=6), times=4))
state <- rep(c("a", "b", "c", "d"), each=6)
time<-rep(seq(from=3.5, to=9, 0.5), each=2)
yesorno<-rep(c("y", "n", "n"), times=8) # condition for fill
sex<-rep(c(rep("m", times=3), rep("f", times=3)), times=4)

d<-data.frame(id, state, time, yesorno, sex)
d$sex_id <- paste(d$sex, d$id, sep="_") # allows to use two color scales on single plot (orders males and females in alphabetical order)

m <- scales::seq_gradient_pal("lightcyan2", "midnightblue", "Lab")(seq(0,1,length.out = 3)) # used for three male individuals
f<-scales::seq_gradient_pal("burlywood1", "red4", "Lab")(seq(0,1,length.out = 3)) # used for three female individuals
fm<-c(f, m)

ggplot()+
  geom_point(data=d, aes(x=factor(state), y=time, fill= factor(yesorno), color=factor(sex_id)), shape=21, size=3, position=position_dodge(width=0.3))+ # if "fill=..." is removed, then dodging works
  geom_line(data=d, size=0.7, aes(x=factor(state), y=time, color=factor(sex_id), group=factor(sex_id)), position=position_dodge(width=0.3)) +
  scale_color_manual(values=fm)+
  scale_fill_manual(values=c("white", "black"))

#创建示例数据帧
id我认为您只需要将
组
美学移到ggplot的主调用中，这样它就可以应用于点几何图形和线几何图形。仅将分组应用于线几何，导致不一致地应用回避的原因。我还将代码的一些其他部分移到了对ggplot的主调用中，以避免在每个geom中重复它们

pd = position_dodge(0.3)

ggplot(d, aes(x=factor(state), y=time, color=factor(sex_id), group=factor(sex_id)))+
  geom_point(aes(fill=factor(yesorno)), shape=21, size=3, position=pd) + 
  geom_line(size=0.7, position=pd) +
  scale_color_manual(values=fm)+
  scale_fill_manual(values=c("white", "black")) +
  labs(colour="Sex_ID", fill="") +
  theme_classic()


另一件事是，如果您不想，您不需要创建单独的
sex\u id
列。您可以使用
interaction
功能动态组合
sex
和
id
。尽管在这种情况下，您还需要创建一个命名的颜色向量，以确保颜色和性别id按照您希望的方式匹配：

fm = setNames(c(m, f), unique(interaction(d$sex, d$id, sep="_")))

ggplot(d, aes(x=factor(state), y=time, color=interaction(sex, id, sep="_", lex.order=TRUE), 
              group=interaction(sex, id, sep="_", lex.order=TRUE))) +
  geom_point(aes(fill=factor(yesorno)), shape=21, size=3, position=pd) + 
  geom_line(size=0.7, position=pd) +
  scale_color_manual(values=fm)+
  scale_fill_manual(values=c("white", "black")) +
  labs(colour="Sex_ID", fill="") +
  theme_classic()

完美的谢谢你的提示！；-）