“；CFINDER”；输出数据输入和对的平均值计算

我面临一个问题：我必须导入一个文本文件（

来自_soft.txt

，它是从“CFINDER”软件输出的）。看起来是这样的：

from_soft:
# text-text-text-text-text-text-text-text-text-text-
# text-text-text-text-text-text-text-text-text-text-
# text-text-text-text-text-text-text-text-text-text-
# text-text-text-text-text-text-text-text-text-text-

1: SpeciesA SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesE
2: SpeciesA SpeciesC SpeciesE SpeciesD SpeciesF SpeciesG SpeciesH
3: SpeciesB SpeciesC SpeciesF
4: SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesF SpeciesH
[...]

print(ref)
3324   SpeciesA  SpeciesB       1
3325   SpeciesA  SpeciesC       2
3326   SpeciesA  SpeciesD      12
3327   SpeciesA  SpeciesE       1
3328   SpeciesA  SpeciesF      71
3329   SpeciesA  SpeciesG       6
3330   SpeciesA  SpeciesH      15
3331   SpeciesB  SpeciesC       2
3332   SpeciesB  SpeciesF       4
3333   SpeciesB  SpeciesD      17
[...]

多亏了

readLines

，我成功地将其导入到R中：

cliques<-readLines("from_soft.txt",n=-1,ok=T,warn=T,encoding="unknow",skipNul=F)

另一方面，我有一个表

ref

，表示每对物种的“值”。看起来是这样的：

from_soft:
# text-text-text-text-text-text-text-text-text-text-
# text-text-text-text-text-text-text-text-text-text-
# text-text-text-text-text-text-text-text-text-text-
# text-text-text-text-text-text-text-text-text-text-

1: SpeciesA SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesE
2: SpeciesA SpeciesC SpeciesE SpeciesD SpeciesF SpeciesG SpeciesH
3: SpeciesB SpeciesC SpeciesF
4: SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesF SpeciesH
[...]

print(ref)
3324   SpeciesA  SpeciesB       1
3325   SpeciesA  SpeciesC       2
3326   SpeciesA  SpeciesD      12
3327   SpeciesA  SpeciesE       1
3328   SpeciesA  SpeciesF      71
3329   SpeciesA  SpeciesG       6
3330   SpeciesA  SpeciesH      15
3331   SpeciesB  SpeciesC       2
3332   SpeciesB  SpeciesF       4
3333   SpeciesB  SpeciesD      17
[...]

_soft的每一行

对应于图形中的一个“团”。这意味着每个物种都是相互联系的。我想计算每行的“平均连接”

作为行
1:
的示例，以下是所有现有对：

1: SpeciesASpeciesB|SpeciesASpeciesC|SpeciesASpeciesD|SpeciesASpeciesE|SpeciesBSpeciesC|SpeciesBSpeciesD|SpeciesBSpeciesE|SpeciesCSpeciesD|SpeciesCSpeciesE|SpeciesDSpeciesE|

每个现有对都有一个在
ref
中给出的值。我想要的输出文件是这样一个表：

head(from_soft)
[1] 0: SpeciesA SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesE   1: SpeciesA SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesE   2: SpeciesA SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesE  
[4] 3: SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesF SpeciesH [...]

1: 3.5 (= mean of all pairs in the clique '1:')
2: 4.2
3: 1.5
4: 6
[...]

你有什么想法去做吗

谢谢你的帮助

R.
对于您的导入问题，您是否尝试过
readLines（“from_soft”）
？您好！是的，谢谢你，托斯皮格，读卡器工作得很好！好。现在，您的
集团
数据框是否拆分为列，每列只包含一个物种？对于您的导入问题，您是否尝试过
阅读行（“from_soft”）
？您好！是的，谢谢你，托斯皮格，读卡器工作得很好！好。现在，您的
集团
数据框是否拆分为列，每列只包含一个物种？