Rscript和R CMD批处理的不同结果

我有一个不一致的问题，在运行R脚本时无法解释。我无法生成一个可复制的示例，因为entry脚本调用了一整套文件/函数

在Rv3.1.2中使用Rscript或RStudio，我获得了预期的结果，但是当从bash调用R CMD BATCH时，我的脚本不会产生相同的输出。在bash中，R似乎正确地读取了命令行参数并从脚本中报告它们，但在我的代码中，只有Rscript和RStudio

source

方法似乎正确地使用了代码中的参数

这两个命令行调用如下所示：

Rscript./script/forecast\u category\u script.R“category='razors'”cores=4L“

R CMD BATCH--no save”--args category='razors'cores=4L./script/forecast\u category\u script.R~/data/output/out.out

是否有任何明显的原因可以解释为什么会出现这些不一致？我更喜欢使用R CMD BATCH，因为它将输出重定向到一个文件，当我通过调度器将代码作为批处理作业迁移到大学集群时，我希望能够遵循它所做的操作

更新：更改此行可以解决问题，但原因是什么？

之前，我有以下几行代码，基本上，当我进行测试时，如果庞大的数据集已经加载到我的RStudio环境中，我不会一直重新加载它：

如果（！存在（“spi”））spi=f_load.spi（category=category）

将其替换为：

spi=f_load.spi（category=category）

基本功能

f_load_spi

保持不变，但是：

f_load.spi = function(spi = NULL, category = "razors" , n=NULL) {

    # check if the data is pre-loaded
    if (is.null(spi)) {
        fil = paste0(pth.data.storage, "categories/", category, "/", category, ".sp_ss.interp.rds")
        print(fil)
        spi = readRDS(fil)
    }
    # subset to a specific set of items
    if (!is.null(n)) {
        fc.items = unique(spi$fc.item)
        rnd = sample(1:length(fc.items), n)
        spi = spi[fc.item %in% fc.items[rnd]]
    }
    spi
}

出于某种原因，

category

变量没有正确地传递到函数中，它正在加载一个不同的类别（beer而不是razors），这是一个庞大的文件，不适合测试

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这仍然不能解释为什么

Rscript

和

R CMD BATCH

的行为不同。

其中一个可能正在加载以前保存的工作区并使用全局变量。您是否检查过您所在的目录或是否存在.rhistore文件是否重要？确保没有任何隐藏变量的一种方法是在每个脚本的开头清除worspace。例如，将rm（list=ls（））作为Rscript的第一行

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此外，还可以使用sink（）将输出通过管道传输到带有Rscript的文件

如果您将

--no restore

添加到r cmd batch中，并准备尝试它，可能是有史以来最难回答的问题之一，该怎么办。我的借口是：在Windows上使用20年，换成第一台Mac电脑。