如何在R中使用ggplot2更正代码以运行堆叠条形图？

我的数据包括6个样本（目前为rownames）和24个列，每个列以不同的细菌物种命名，数字是相对丰度

这里是结构

dput(sig_speciesstacked) 

结构（c（“控制1”、“控制2”、“控制3”、“疾病1”）， “疾病2”、“疾病3”、“0.32503”、“0.55197”、“1.23225”、“0”， "0", "0", "0.11568", "1.27372", "0.04306", "0", "0", "0", "0.78402", "0.99583", "0.03723", "0", "0", "0", "0.07664", "0.0932", "0.28018", "0", "0", "0", "0.29037", "0.74246", "0.3061", "0", "0", "0", "0.22328", "0.40351", "0.00416", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0.23779", "0.70807", "0.00891", "0.04852", "0.34497", "0.19266", "0", "0", "0", "0.26408", "0.05026", "0.0022", "0", "0", "0", "0.31206", "0.59428", "0.15606", "0", "0", "0", "0.13716", "0.55023", "0.4716", "0", "0", "0", "0.27194", "0.57013", "0.23164", "0", "0", "0", "6.84233", "2.18166", "0.6827", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0.94569", "0.0108", "0.06016", "0.32686", "0.04407", "1.02125", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0.51243", "0.10427", "1.48269", "0", "0", "0", "1.49594", "0.90364", "0.0081", "1.27002", "1.80154", "0.33065", "0", "0", "0", "2.40484", "0.36535", "3.79276", "0", "0", "0", "4.23202", "2.63742", "0.37963", "0", "0", "0", "0.38793", "0.81874", "0.04095", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1.04847", "0.08983", "0.02608", "0", "0", "0", "0.14408", "0.1637", “0.07754”），.Dim=c（6L，24L），.Dimnames=list（c（“1”、“2”、“3”）， “4”、“5”、“6”）、c（“样本”、“Alistipes_finegoldii”、“Alistipes_模糊”， “Alistipes_onderdonkii”、“Alistipes_senegalensis”、“Bacteriomoidales_bacterium_ph8”， “青少年双歧杆菌”、“牙双歧杆菌”、“气相双歧杆菌”， “嗜酸杆菌”、“嗜酸杆菌”、“长链菌”， “真杆菌”、“直肠真杆菌”、“镰刀菌”， “Lachnospiraceae_bacterium_3_1_46FAA”，“Lactobacillus_mucosae”， “巨球藻微核”、“内脏异味杆菌”、“人玫瑰杆菌”， “瘤胃球菌”、“瘤胃球菌”、“副鳗鲡链球菌”， “Veillonella_atypica”））

我试图制作一个堆叠条形图，显示不同样本（3个对照组和3个疾病）的不同丰度

首先，我在包含示例名称的列中添加了一个列名，因此总共有25列。第一个包含样本，2:25包含24种不同物种的丰度

 sig_speciesstacked <- cbind(Samples= rownames(sig_speciesstacked), sig_speciesstacked)

 print(colnames(sig_speciesstacked))

 rownames(sig_speciesstacked) <- c("1", "2", "3", "4", "5", "6").  

以此类推，24个物种中的每一个重复6次，不同的样本对应不同的丰度水平

不知道为什么Var1和Var2没有在我上面的代码行中分别重命名为“Samples”和“species”，以及为什么输出是这样的

使用aes（x=Var1等）运行ggplot会得到一个完全错误的绘图

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编辑；对于有类似问题的任何人，请不要使用cbind。在这里的一个例子中，他们让第1列包含示例名称，因此我使用了它。如果您不这样做，只使用行名称作为示例名称，那么它就可以正常工作。非常感谢那些帮助过下面的人

很高兴你第一次在这里发帖。我不知道我是否正确理解了你的问题，但这是我试图解决的问题

请注意，我的方法使用“管道”（

%%>%

）以及包

tidyverse

中的函数

pivot\u longer

，而不是

melt

#加载所需的软件包（包括ggplot2），如果尚未安装，请先安装
图书馆（“tidyverse”）
#将数据放入对象中
sig_规格堆叠%
#使用矩阵行名称（您的数据）并将它们放入列名“type”中
行名到列（var=“type”）%>%
#枢轴更长，而不是熔化
枢轴长度（-type，names\u to=“names”，values\u to=“value”）
ggplot（数据=df_图，
aes（x=名称，y=值，组=类型，填充=类型））+
几何图形栏（stat=“identity”，position=“stack”）

由（v0.3.0）于2019-11-25创建

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更新

在澄清并再次查看代码之后，解决方案似乎更简单。正如@camille所指出的那样，你走在一条很好的道路上，只是你没有从你“融化”的数据中为情节使用正确的名字

ggplot

中的美学（

aes

）需要参考数据中的列名（

sig_speciesstackplot1

）。正如您自己看到的，它们是

Var1

、

Var2

、和

value

库（“tidyverse”）
图书馆（E2）
#> 
#>正在附加程序包：“重塑2”
#>以下对象已从“package:tidyr”屏蔽：
#> 
#>史密斯
#你的代码
sig_物种5 5个样本疾病2
#>6样本疾病3
#在stringsAsFactors=F的data.frame上使用Reformase2:：melt
sig_物种StackPlot1样本物种值
#>1控制1 Alistipes_finegoldii 0.32503
#>2控制2 Alistipes_finegoldii 0.55197
#>3控制3 Alistipes_finegoldii 1.23225
#>4疾病1 Alistipes_finegoldii 0
#>5疾病2 Alistipes_finegoldii 0
#>6疾病3 Alistipes_finegoldii 0

---

由（v0.3.0）

于2019-11-26创建的

ggplot

调用中的列名不在您的数据中。熔化后，你没有“样本”和“丰度”这两个栏目。首先，你没有“样本”这两个栏目，它是“样本”。重要的是，这只是一系列typos@camille请你澄清一下好吗？熔化后，我的sig_规格StackPlot1的列为Var1、Var2和value。我不明白为什么当我试图给x轴和y轴一个标题时会出现错误。fill=species也无法识别。

aes

的参数是数据框中列的名称。如果您的数据帧包含Var1、Var2和value列，但您告诉

aes

它们是样本，

 sig_speciesstackplot1 <- melt(sig_speciesstacked, id.vars = "Samples", variable.name = "species")

 pdf("Stackedbarplot.species.pdf", width = 6, height = 7)
 ggplot(sig_speciesstackplot1,aes(x=Samples, y=value, fill= species))+ geom_bar(stat = 
 "identity", position="fill")

       Var1    Var2                 value
     1  1   Samples               Control1
     2  2   Samples               Control2
     3  3   Samples               Control3
     4  4   Samples               Disease1
     5  5   Samples               Disease2
     6  6   Samples               Disease3
     7  1   Alistipes_finegoldii    0.32503
     8  2   Alistipes_finegoldii    0.55197
     9  3   Alistipes_finegoldii    1.23225
     10 4   Alistipes_finegoldii    0