RStudio显示不同的$PATH变量

可能有问题，但我不知道RStudio的启动过程，无法判断问题是否相同。我正在Linux上使用RStudio Desktop v0.99.442。从RStudio内部的控制台，我运行

system("echo $PATH")
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games

但是，我的real

$PATH

（当我从控制台中看到echo$PATH时）有很多其他程序，我希望能够使用R中的system（）调用这些程序。例如，在my.bashrc中，我将tabix附加到了

$PATH

奇怪的是，当我在控制台中的R会话中运行相同的命令时，我得到

system("echo $PATH")
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games;/path/to/bcftools-1.2/htslib-1.2.1/tabix

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这是正确的。因此，RStudio中的R会话与控制台中的R会话之间存在差异。它们不加载相同的环境变量。如何让RStudio使用正确版本的$PATH？

当您从命令行启动R，然后运行

system（echo$PATH）

时，您将从命令行会话继承Bash环境。当您从Mac上的Dock或Finder或Ubuntu中的系统应用程序而不是从命令行启动RStudio时，RStudio不会从您的

/.bashrc

获取其环境。相反，它将从系统范围的设置中获取环境变量。它如何找到这些系统设置将取决于操作系统

Ubuntu 请参阅Ubuntu，尤其是

根据这一解释：

通过编辑应用程序的.desktop文件，可以将环境变量添加到应用程序中。例如，要使用环境变量APPMENU_DISPLAY_BOTH=1运行“digiKam”，请找到相应的digiKam.desktop文件，并通过env命令将变量设置添加到条目“Exec”：

RStudio

.desktop

文件将位于

~/.local/share/applications/

或

/usr/share/applications/

（很可能是后者）。编辑该文件以包含此行：

PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games;/path/to/bcftools-1.2/htslib-1.2.1/tabix

雨衣 系统范围的环境变量由启动代理设置，而不是由Bash设置。如何为从Finder启动的应用程序设置环境变量，具体取决于您的Mac OS X版本。这一点非常重要

我这样做的方法是添加一个文件，

~/Library/LaunchAgents/com.username.envvariables.plist

，其中包含以下内容：

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE plist PUBLIC "-//Apple//DTD PLIST 1.0//EN" "http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd">
<plist version="1.0">
  <dict>
    <key>Label</key>
    <string>com.username.envvariables</string>
    <key>ProgramArguments</key>
    <array>
      <string>sh</string>
      <string>-c</string>
      <string>
        launchctl setenv PATH /usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games;/path/to/bcftools-1.2/htslib-1.2.1/tabix
      </string>
    </array>
    <key>RunAtLoad</key>
    <true/>
  </dict>
</plist>

您可能需要重新启动Finder：

killall -KILL Dock

然后重新启动RStudio。

我通过向~/.Renviron添加路径解决了这个问题（在MAC上） 您可以运行以下命令：

$ touch ~/.Renviron | R_PATH="PATH=$PATH" | echo $R_PATH >  ~/.Renviron

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然后重新启动Rstudio。现在，在这两种情况下，您应该有相同的$PATH。

我遇到了相同的问题。与Lincoln的答案不同，我在RStudio控制台中手动设置了正确的环境

Sys.setenv(PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games;/path/to/bcftools-1.2/htslib-1.2.1/tabix")

Sys.getenv()

在这种情况下

R正在使用的路径也可以通过在控制台中进行检查

Sys.setenv(PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games;/path/to/bcftools-1.2/htslib-1.2.1/tabix")

Sys.getenv()

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我正在使用Linux（Ubuntu v15.04）。更新了我的问题。@Josh Bradley:我已经更新了答案，包括Ubuntu。谢谢。向.desktop文件添加绝对路径

env path=/path/to/bcftools-1.2/htslib-1.2.1/tabix

。为了获得更好的解决方案，我尝试使用

env PATH=${PATH}

或

env PATH=$PATH

将其设置为扩展当前路径，但RStudio PATH变量不正确。@LincolnMullen Hi Lincoln，您的解决方案确实解决了我的问题。非常感谢。同时，我可以问一下，我们如何使用这种方法在rstudio中添加dyld_library_path？因为系统（'echo$DYLD\u LIBRARY\u PATH'）在终端中返回一些路径时不返回任何内容。非常感谢。此更改对当前会话是持久的还是有效的？当我将其放入.Renviron时，它可以工作，但RStudio仍然将

/usr/local/bin

挂在前面，这不是我想要的。此方法会导致使用

doParallel

进行并行处理时出现问题。更多信息，请参阅。