计算R中的运行窗口Spearman相关性和pvalue
我想计算R中的运行窗口Spearman关联。 到目前为止,我一直在使用计算R中的运行窗口Spearman相关性和pvalue,r,correlation,pearson,R,Correlation,Pearson,我想计算R中的运行窗口Spearman关联。 到目前为止,我一直在使用运行来自gtools的包,但我只能从中获得Pearson相关性。 我试图修改fun参数,但无法使其产生任何错误 我的输入是data.frame: row.names Small Large 1 1 97.80341 88.71192 2 2 97.46807 87.96206 3 3 97.18862 88.13904 4 4 97.76615 87.67329
运行来自gtools
的包,但我只能从中获得Pearson相关性。
我试图修改fun
参数,但无法使其产生任何错误
我的输入是data.frame:
row.names Small Large
1 1 97.80341 88.71192
2 2 97.46807 87.96206
3 3 97.18862 88.13904
4 4 97.76615 87.67329
5 5 97.09081 87.52425
6 6 97.16067 87.85493
7 7 97.73820 88.43712
等等。
这是我试图操纵的基本运行命令:
corr_table <- running (mytable$Large, mytable$Small,fun=cor, width=20, by=10, allow.fewer=FALSE, pad=FALSE, align="left")
corr_tableOK找到了两个问题的解决方案:
corr_table <- running (mytable$Large, mytable$Small,fun=cor.test, method="spearman", width=60, by=30, allow.fewer=FALSE, pad=FALSE, align="left")
newlist <- t(corr_table)
newlist <- as.matrix (newlist)
y <- newlist[,4]
x <- seq(from=1, to=92) #change the "to" according to number of values in Y
pvalue <- newlist[,3]
plot(x,y, xlim=c(1,92),ylim=c(-1,1), col=ifelse(pvalue < 0.05, "red", "black")) #change the "xlim" according to number of values in Y
corr\u表