R 安装gdata失败(在64位Linux上)

R 安装gdata失败(在64位Linux上),r,R,我正在编写一个使用gplots库的R脚本。因此,在脚本的某个点上 library(gplots) 被称为。使用32位linux设备(linux an 3.2.0-33-generic-pae 52 Ubuntu SMP i686 GNU/linux,Ubuntu 12.04)时,这项功能非常有效。 但是,我尝试在64位机器上运行该脚本(Linux sim 2.6.38-15-server 66 Ubuntu SMP x86_64 GNU/Linux;Ubuntu 11.04),现在它抛出错误:

我正在编写一个使用gplots库的R脚本。因此,在脚本的某个点上

library(gplots)
被称为。使用32位linux设备(linux an 3.2.0-33-generic-pae 52 Ubuntu SMP i686 GNU/linux,Ubuntu 12.04)时,这项功能非常有效。
但是,我尝试在64位机器上运行该脚本(Linux sim 2.6.38-15-server 66 Ubuntu SMP x86_64 GNU/Linux;Ubuntu 11.04),现在它抛出错误:

Error in library(gplots) : there is no package called 'gplots'
Calls: generateHeatmap -> library
Execution halted
因此,当我尝试安装gplots时,它会引发另一个错误:

> install.packages('gplots', type="source", dependencies=T)
ERROR: dependency ‘gdata’ is not available for package ‘gplots’
* removing ‘/home/schaller/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12/gplots’
...
因此,我正在尝试安装gdata:

>install.packages('gdata', type="source", dependencies=F)
Installing package(s) into ‘/home/schaller/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning message:
In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) :
  package ‘gdata’ is not available
我在网上搜索了可能的解决方案。我找不到。然而,我读到gdata在64位模式下的当前R版本上被破坏。有人发布了一个修补的回购协议[1],但我不能用它来安装gdata。 这就意味着目前不可能在64位机器上使用这个包了

[1] -

更多信息:R版本2.12.1



答:将r-base更新为当前版本修复了问题。

您应该可以这样做

$ sudo apt-get install r-cran-gplots
然后从Ubuntu repo安装
gdata
gplots


当然,您也可以使用您喜欢的任何软件包管理前端。

我首先将R更新为当前版本。最好使用Rcran Ubuntu包(参见说明)。