从R中的lme4包捕获聚合消息
我想知道是否有一种方法可以编写逻辑测试(从R中的lme4包捕获聚合消息,r,function,regression,lme4,R,Function,Regression,Lme4,我想知道是否有一种方法可以编写逻辑测试(TRUE/FALSE),以显示lme4包中的模型是否收敛 下面是一个示例,我想捕获是否有任何模型带有收敛警告(即,模型未能收敛)消息 库(lme4) dat我们可以使用tryCatch,使用和callinghandlers从帖子中汲取灵感 我们可以从purr安全地使用。它还将返回错误作为列表元素,并捕获错误。如果没有错误,则为NULL library(purrr) safelmer <- safely(lmer, otherwise = NA) ou
TRUE/FALSE
),以显示lme4
包中的模型是否收敛
下面是一个示例,我想捕获是否有任何模型带有收敛警告(即,模型未能收敛
)消息
库(lme4)
dat我们可以使用tryCatch
,使用和callinghandlers
从帖子中汲取灵感
我们可以从purr
安全地使用。它还将返回错误
作为列表
元素,并捕获错误。如果没有错误,则为NULL
library(purrr)
safelmer <- safely(lmer, otherwise = NA)
out <- safelmer(math ~ ses*sector + (ses | sch.id), data = dat)
库(purrr)
谢谢你,罗纳克!因此,对于我们的逻辑测试,我们是否可以编写一个函数,在该函数中,如果模型具有该警告,则该函数将获得一个类似于m
的模型,并输出TRUE
,否则输出该警告?您的解决方案需要在列表中重新键入整个模型!就像我说的,我只需要一个函数,它在我的问题中接受一个模型对象,如m
,并检查是否有警告(返回TRUE
)或其他FALSE
。请参阅更新的答案,将模型m
传递给函数是否生成警告
dat <- read.csv('https://raw.githubusercontent.com/rnorouzian/e/master/nc.csv')
m <- tryCatch({
withCallingHandlers({
error <- FALSE
list(model = lmer(math ~ ses*sector + (ses | sch.id), data = dat),
error = error)
},warning = function(w) {
if(grepl('failed to converge', w$message)) error <<- TRUE
}
)})
m$model
#Linear mixed model fit by REML ['lmerMod']
#Formula: math ~ ses * sector + (ses | sch.id)
# Data: dat
#REML criterion at convergence: 37509.07
#Random effects:
# Groups Name Std.Dev. Corr
# sch.id (Intercept) 1.9053
# ses 0.8577 0.46
# Residual 3.1930
#Number of obs: 7185, groups: sch.id, 160
#Fixed Effects:
#(Intercept) ses sector ses:sector
# 11.902 2.399 1.677 -1.322
#convergence code 0; 0 optimizer warnings; 1 lme4 warnings
m$error
#[1] TRUE
is_warning_generated <- function(m) {
df <- summary(m)
!is.null(df$optinfo$conv$lme4$messages) &&
grepl('failed to converge', df$optinfo$conv$lme4$messages)
}
m <- lmer(math ~ ses*sector + (ses | sch.id), data = dat)
is_warning_generated(m)
#[1] TRUE
library(purrr)
safelmer <- safely(lmer, otherwise = NA)
out <- safelmer(math ~ ses*sector + (ses | sch.id), data = dat)