在群集上运行R代码
我使用R运行一些非常密集的C代码(R包装器)。因此,我希望在集群上运行.R文件。我以前在集群上运行C代码的可执行文件时使用的.pbs文件如下所示:在群集上运行R代码,r,bash,cluster-computing,executable,R,Bash,Cluster Computing,Executable,我使用R运行一些非常密集的C代码(R包装器)。因此,我希望在集群上运行.R文件。我以前在集群上运行C代码的可执行文件时使用的.pbs文件如下所示: #!/bin/bash #PBS -l procs=1 #PBS -l walltime=240:00:00 #PBS -N Name #PBS -m ea #PBS -M name@something.com #PBS -l pmem=1000mb #PBS -t 1-3 echo "
#!/bin/bash
#PBS -l procs=1
#PBS -l walltime=240:00:00
#PBS -N Name
#PBS -m ea
#PBS -M name@something.com
#PBS -l pmem=1000mb
#PBS -t 1-3
echo "Starting run at: `date`"
path/to/myscript
echo "Job finished with exit code $? at: `date`"
我可以用我的.R文件创建一个可执行文件,并像用编译的C代码那样运行它吗?如何编译.R文件?我想您将在Linux/UNIX操作系统下使用脚本。如果是这种情况,请添加一个
#/usr/bin/env Rscript
在R脚本中插入并使其可执行chmod u+x path/to/myscript
。您不需要编译代码
请注意,您可能需要在PBS脚本中添加类似于模块加载R
的内容来加载R环境变量