SECR场合栏via R：如何为序列中的每个日期指定一个数字，但如果某个日期不是'；你不在那个专栏里吗？

我正在尝试为空间显式捕获-再捕获模型（secr）格式化数据，我们需要一个专栏。我每年都要对整个数据集进行90天的记录，每一行都是一个单独的动物记录，记录在一个摄像机陷阱上。假设第一天是2019年2月1日。在“场合”栏中，它应该得到“1”。最后一天，5月1日，应该在该栏中得到“90”

然而，这里有一个陷阱：在那个时间段的每个日期都没有一个捕获，有些日子有多个捕获。因此，“dt”列中的日期可能如下所示：

    for (m in mydateseq) {
       data_new = data_old %>% 
          arrange(dt) %>% 
          mutate(occasion = if_else(dt %in% mydate, 
                                    true = mydateseq[m], 
                                    false = NA_real_)
    }

2019-02-01

2019-02-04

2019-02-05

2019-02-06

2019-02-07

2019-02-07

2019-02-07

我想创建一个“场合”列，以便我的最终表格可以有如下列：

    for (m in mydateseq) {
       data_new = data_old %>% 
          arrange(dt) %>% 
          mutate(occasion = if_else(dt %in% mydate, 
                                    true = mydateseq[m], 
                                    false = NA_real_)
    }

2019-02-01 | 1

2019-02-04 | 4

2019-02-05 | 5

2019-02-06 | 6

2019-02-07 | 7

2019-02-07 | 7

2019-02-07 | 7

关于这一点，我已经采取了两种方法，但都没有成功。首先，我试过：

    data_new = data_old %>% 
               arrange(dt) %>% 
               mutate(occasion = as.numeric(factor(dt))

这让我的桌子看起来像这样：

    for (m in mydateseq) {
       data_new = data_old %>% 
          arrange(dt) %>% 
          mutate(occasion = if_else(dt %in% mydate, 
                                    true = mydateseq[m], 
                                    false = NA_real_)
    }

2019-02-01 | 1

2019-02-04 | 2

2019-02-05 | 3

2019-02-06 | 4

2019-02-07 | 5

2019-02-07 | 5

2019-02-07 | 5

所以，相同日期的数字是相同的，这正是我想要的，但如果缺少相应的日期，它不会跳过数字。我尝试了更复杂的方法：

首先，我得到了每年90天的开始日期

    mydttemp <- as.POSIXct("2014-02-01")
    mydates = seq.POSIXt(from = mydttemp, length.out = 7, by = "1 year")

`

第二，我为每年制定了90天的期限。我使用循环和列表中每年经过的对象文件号（因此，使用

mydates[fileNumber]

表达式）

最后，我将这些输入到代码的同一部分中，如下所示：

    for (m in mydateseq) {
       data_new = data_old %>% 
          arrange(dt) %>% 
          mutate(occasion = if_else(dt %in% mydate, 
                                    true = mydateseq[m], 
                                    false = NA_real_)
    }

其想法是，如果在创建的列表中找到与“dt”列中的任何日期匹配的日期，它会将该日期的相应数字放入一列中。但这给了我一个充满NAs的专栏。有什么想法吗

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提前谢谢。

从日期中减去第一个日期，再加上1：

# test data
s <- c("2019-02-01", "2019-02-04", "2019-02-05", "2019-02-06", 
   "2019-02-07", "2019-02-07", "2019-02-07")

d <- as.Date(s)
as.integer(d - d[1] + 1L)
## [1] 1 4 5 6 7 7 7

测试数据

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嗨，很遗憾，我相信这只解决了示例中的问题，而不是整个问题。